[发明专利]使用一步逆转录模板转换PCR的T细胞受体和B细胞受体库分析系统在审

专利信息
申请号: 201780037451.4 申请日: 2017-06-23
公开(公告)号: CN109312327A 公开(公告)日: 2019-02-05
发明(设计)人: 城口克之;铃木隆二;松谷隆治;北浦一孝 申请(专利权)人: 国立研究开发法人理化学研究所;组库创世纪株式会社
主分类号: C12N15/09 分类号: C12N15/09;C12Q1/686
代理公司: 北京派特恩知识产权代理有限公司 11270 代理人: 王子晔;姚开丽
地址: 日本埼玉*** 国省代码: 日本;JP
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摘要: 发明提供一种用于分析受试者的T细胞受体(TCR)或B细胞受体(BCR)的可变区库的方法,所述方法包括:(1)提供核酸样品的步骤,所述核酸样品使用一步逆转录模板转换PCR从受试者获得的RNA扩增并包含多种类型的T细胞受体(TCR)或B细胞受体(BCR)的核酸序列;(2)确定核酸样品中包含的核酸序列的步骤;和(3)基于确定的核酸序列计算每个基因的出现频率或其组合并得到受试者的TCR或BCR库的步骤。
搜索关键词: 核酸序列 核酸样品 模板转换 逆转录 分析系统 可变区库 基因 分析
【主权项】:
1.一种分析受试者的T细胞受体(TCR)或B细胞受体(BCR)的可变区库的方法,包括以下步骤:(1)提供核酸样品,所述核酸样品包含从获自所述受试者的RNA扩增的多种类型的T细胞受体(TCR)或B细胞受体(BCR)的核酸序列;(2)确定所述核酸样品中包含的所述核酸序列;和(3)基于所确定的核酸序列计算每个基因的出现频率或其组合,以得到所述受试者的TCR或BCR库;其中,步骤(1)包括以下步骤:a)混合从所述受试者获得的RNA、逆转录所需的试剂、模板转换所需的试剂和聚合酶链式反应所需的试剂,并使混合物经历发生逆转录的条件以提供cDNA,所述cDNA包含多种类型的T细胞受体(TCR)或B细胞受体(BCR)的核酸序列;和b)使步骤a)中获得的所述cDNA经历发生聚合酶链式反应的条件,以提供所述核酸样品,所述核酸样品包含多种类型的T细胞受体(TCR)或B细胞受体(BCR)的核酸序列;其中,所述模板转换所需的试剂包括模板转换寡核苷酸,且其中,所述聚合酶链式反应所需的试剂包括对所述TCR或BCR的C区特异的引物,其中,所述对C区特异的引物是经修饰的寡核苷酸引物,所述经修饰的寡核苷酸引物设计成在步骤a)中引物功能部分地封闭或完全地封闭,并设计成在步骤b)中清除引物功能的封闭。
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