[发明专利]有噪声的多核苷酸序列读段的高效聚类有效
| 申请号： | 201780060694.X | 申请日： | 2017-09-25 |
| 公开（公告）号： | CN109804565B | 公开（公告）日： | 2023-06-13 |
| 发明（设计）人： | L·策泽;S·耶卡尼恩;S·D·安格;K·施特劳斯;C·拉施特奇安;R·坎南;K·玛卡彻夫 | 申请（专利权）人： | 微软技术许可有限责任公司 |
| 主分类号： | H03M7/30 | 分类号： | H03M7/30 |
| 代理公司： | 北京世辉律师事务所 16093 | 代理人： | 王俊 |
| 地址： | 美国华*** | 国省代码： | 暂无信息 |
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| 摘要： | 描述了用于将来自多核苷酸测序的DNA读段进行聚类的技术。具有可能由测序中的错误引起的一定水平差异的DNA读段被一起分组在相同簇中。表示不同DNA分子的读段的DNA读段被放置在不同簇中。簇基于编辑距离，其是用以将给定DNA读段转换成另一DNA读段所需的改变的数目。形成簇的过程可以被迭代地执行并且可以使用用作针对编辑距离的近似的其他类型的距离。良好聚类的DNA读段提供用于进一步分析的起始点。 | ||
| 搜索关键词： | 噪声 多核苷酸 序列 高效 | ||
【主权项】：
1.一种系统，包括：至少一个处理单元；与所述处理单元通信的存储器；以及聚类模块，所述聚类模块被存储在所述存储器中，并且在所述处理单元上可执行以：至少部分地基于以下项将多个DNA读段划分成簇：(i)将编辑距离空间确定性地嵌入到汉明空间中的签名；和(ii)随机化的局部敏感散列(LSH)。
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