[发明专利]获取来源于脊椎动物的单细胞的碱基序列信息的方法有效
申请号: | 201780060781.5 | 申请日: | 2017-09-06 |
公开(公告)号: | CN109790570B | 公开(公告)日: | 2023-09-15 |
发明(设计)人: | 辻本尧之;石井靖幸;井上雄喜;大内彩;中谷俊幸;远藤摄 | 申请(专利权)人: | 富士胶片株式会社 |
主分类号: | C12Q1/686 | 分类号: | C12Q1/686;C12Q1/02;C12N15/09 |
代理公司: | 中科专利商标代理有限责任公司 11021 | 代理人: | 宋明 |
地址: | 日本国*** | 国省代码: | 暂无信息 |
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摘要: | 本发明提供一种获取来源于脊椎动物的单细胞的碱基序列信息的方法,该方法能够均匀且精度良好地进行目标区域的PCR扩增。 | ||
搜索关键词: | 获取 来源于 脊椎动物 单细胞 碱基 序列 信息 方法 | ||
【主权项】:
1.一种获取来源于脊椎动物的单细胞的碱基序列信息的方法,其包含:目标区域选择工序,从脊椎动物的基因组DNA上的区域选择用于获取碱基序列信息的至少1个目标区域;单细胞分离工序,从来源于所述脊椎动物的生物试样分离单细胞;基因组DNA提取工序,从所述单细胞提取基因组DNA;PCR扩增工序,将在所述基因组DNA提取工序中提取的基因组DNA作为模板,利用以对所述至少1个目标区域进行PCR扩增的方式设计的引物组合,通过PCR对所述至少1个目标区域进行扩增;及DNA测序工序,解读在所述PCR扩增工序中获得的PCR扩增产物的DNA碱基序列,获取所述至少1个目标区域的碱基序列信息,所述目标区域选择工序和从所述单细胞分离工序至所述基因组DNA提取工序的工序为任意顺序,所述获取来源于脊椎动物的单细胞的碱基序列信息的方法中,以对所述至少1个目标区域进行PCR扩增的方式设计的引物组合通过用于聚合酶链反应的引物组合的设计方法设计,该设计方法包含:a)对象区域选择工序,从所述至少1个目标区域选择对象区域;b)引物候选碱基序列制作工序,根据所述脊椎动物的基因组DNA上的所述对象区域两端的各个附近区域的碱基序列,分别各制作至少1个用于对所述对象区域进行PCR扩增的引物候选的碱基序列;c)局部比对工序,针对从在所述引物候选碱基序列制作工序中制作的引物候选的碱基序列选择2个引物候选的碱基序列的所有组合,对所述组合中包含的2个碱基序列,在该比较的一部分序列包含所述2个碱基序列的3’末端这样的条件下,进行成对局部比对,从而求出局部比对评分;d)第1阶段选拔工序,根据所述局部比对评分,进行用于对所述对象区域进行PCR扩增的引物候选的碱基序列的第1阶段的选拔;e)总体比对工序,针对从在所述第1阶段选拔工序中选拔的引物候选的碱基序列选择2个引物候选的碱基序列的所有组合,对包含所述组合中包含的2个碱基序列的3’末端和预先设定的序列长度的碱基序列,进行成对总体比对,从而求出总体比对评分;f)第2阶段选拔工序,根据所述总体比对评分,进行用于对所述对象区域进行PCR扩增的引物候选的碱基序列的第2阶段的选拔;及g)引物采用工序,采用在所述第1阶段选拔工序及所述第2阶段选拔工序的二者中均被选拔的引物候选的碱基序列作为用于对所述对象区域进行PCR扩增的引物的碱基序列,所述局部比对工序及所述第1阶段选拔工序这两个工序和所述总体比对工序及所述第2阶段选拔工序这两个工序为任意顺序或同时进行。
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