[发明专利]随机测序方法的碱基识别

摘要

本发明提供了处理测序单元中随时间从核酸测量的信号值的方法。信号值可用于创建直方图，从该直方图确定不同状态（例如，每个对应于不同核苷酸）的概率函数。每个概率函数（例如，如使用混合模型确定的）可以指定对应于特定核苷酸的信号的发射概率。

主权项

1.使用测序单元的方法，所述方法包括：‑ 获得测序单元经第一时间间隔从核酸测量的第一组信号值，其中所述第一组信号值包括测序单元的四种单元状态的每一种的测量值，所述四种单元状态对应于不同类型的核苷酸；‑ 创建第一组信号值的第一直方图，所述第一直方图是存储多个计数的数据结构，每个计数对应于箱内的多个信号值，第一直方图的每个箱对应于不同的数值；对于四种单元状态的每种单元状态：‑ 确定将处于单元状态的发射概率分配给不同数值的概率函数，使用针对所述第一直方图的箱的多个计数确定概率函数；‑ 确定在核酸的四种核苷酸状态之间提供成对转换概率的传输矩阵，四种核苷酸状态对应于不同类型的核苷酸；‑ 经T时间步长创建格图，每个时间步长对应于所述第一组信号值的一个信号值，其中给定时间步长的格图包括四种核苷酸状态，每种状态具有使用对应单元状态的概率函数确定的发射概率，并且其中根据成对转换概率，一个时间步长处的核苷酸状态与下一个时间步长处的核苷酸状态连接；‑ 基于发射概率和成对转移概率确定通过格图的最佳路径，以鉴定每个时间步长处的核苷酸状态；‑ 使用T时间步长的核苷酸状态确定包含核酸序列的碱基；和‑ 提供核酸的序列。