[发明专利]编码/解码基因组序列数据的方法、基因组编码器/解码器

摘要

本公开涉及编码/解码基因组序列数据的方法、基因组编码器/解码器。当基因组测序机产生的基因组序列数据在一个或更多个参考序列上进行比对时，表示和处理该基因组序列数据的方法和装置。通过将读序相对于已有的或构造的参考序列进行比对来编码该读序。在比对之后，编码处理包括将读序分类成数据类，接着就描述符层的多重性对各个数据类进行编码。使用特定的源模型和熵编码器对用于表示各个数据类的描述符的子集进行编码。

主权项

1.一种用于编码基因组序列数据的方法，所述基因组序列数据包括核苷酸序列的读序，所述方法包括以下步骤：·将所述读序与一个或更多个参考序列进行比对，从而创建比对读序；·根据与所述一个或更多个参考序列进行匹配的指定匹配规则，对所述比对读序进行分类，从而创建比对读序的类；·将所述分类后的比对读序编码为多个语法元素流；·其中，将所述分类后的比对读序编码为多个语法元素流的步骤包括以下步骤：根据比对读序的所述类来选择所述语法元素；·将报头信息提供给所述语法元素流，从而创建连续的数据块，以将所述基因组数据块熵编码成能够单独访问的数据单元。