[发明专利]用于确定头颈部鳞状细胞癌的方法

摘要

本发明涉及一种基于测量特定基因集的CpG岛的超甲基化和/或低甲基化水平，确定头颈部鳞状细胞癌，优选地在早期，的体外进行的方法。

主权项

1.用于检测和/或预后头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)的方法，所述方法包括以下步骤：(i)从个体获得分离的生物样品；(ii)从所述样品纯化基因组DNA；(iii)用亚硫酸氢盐，优选地亚硫酸氢钠，处理所述基因组DNA；(iv)在步骤(iii)之后，通过使用至少一个引物对来扩增所述基因组DNA，所述引物对允许扩增选自以下的至少一个基因的基因组DNA区域的至少一个序列：EPHX3、KIF1A、LRRTM1、FLI1、ITGA4、LINC00599、NTM、PARP15、ZAP70、miR193、miR296、GP1BB、hTERT及其任何组合，所述序列包含至少一个CpG和/或CpG岛；(v)测量落入根据步骤(iv)扩增的并且属于以下基因集的序列中的至少一个CpG和/或CpG岛的甲基化水平：a)人类TERT和KIF1A；和/或b)LRRTM1、PARP15、ZAP70、miR193、miR296、hTERT；和/或c)KIF1A、LRRTM1、ZAP70、miR193、miR296、hTERT；和/或d)KIF1A、LRRTM1、FLI1、LINC00599、PARP15、ZAP70、miR193、miR296、GP1BB、hTERT；和/或e)EPHX3、KIF1A、LRRTM1、FLI1、ITGA4、LINC00599、NTM、PARP15、ZAP70、miR193、miR296、GP1BB、hTERT，其中落入所述集的以下基因：EPHX3、KIF1A、LRRTM1、FLI1、ITGA4、LINC00599、NTM、PARP15、ZAP70、miR193中的至少一个的序列中的所述至少一个CpG和/或CpG岛的超甲基化和/或落入所述集的以下基因：miR296、GP1BB、hTERT中的至少一个的序列中的所述至少一个CpG和/或CpG岛的低甲基化指示HNSCC阳性样品，其中所述超甲基化和/或所述低甲基化是与从健康个体分离的样品中测量的甲基化水平相比来评估的。