[发明专利]利用转录组数据获取岷县龙胆叶绿体基因组序列的方法

摘要

本发明公开了一种利用转录组数据获取岷县龙胆叶绿体基因组序列的方法，通过二代测序技术获得岷县龙胆的转录组测序原始数据，经过过滤以及与已知的龙胆属叶绿体基因组进行比对，筛出叶绿体基因reads，将筛出的reads组装成叠连群，其后将叠连群建成本地比对数据库，与参考序列比对，根据比对结果排序和拼接，每拼接5—6kb，将新组装的序列与其它叶绿体基因组序列进行比对，以检查所拼接的序列，最后根据首尾的重叠区将序列组装成环，再通过PCR和一代测序技术填补其中的间隙，最终获得岷县龙胆的叶绿体基因组序列。本发明有利于了解岷县龙胆叶绿体基因组结构等重要信息，也进一步地开发了转录组数据的价值。

主权项

1.利用转录组数据获取岷县龙胆叶绿体基因组序列的方法，其特征在于，包括以下步骤：利用高通量测序技术对岷县龙胆叶片的转录组样品进行测序，获得原始数据；过滤掉低质量数据，从而获得转录组的有效数据；从有效数据中筛选出能定位到参考叶绿体基因组上的机读序列（reads）；组装所获得的reads，构建叠连群（contigs）；根据参考叶绿体基因组对叠连群进行排序以及进一步的拼接和组装；每拼接5—6kb，将新拼接的序列已知的众多序列进行blast比对，以检查所拼接的序列；合并首尾序列的重叠部分，获得环状序列；根据所存在的间隙（gap）两端序列设计引物对gap进行PCR，通过末端终止测序法（即一代测序）获得gap区序列以填补gap，从而获得完整的叶绿体基因组序列。