[发明专利]用于检测基因突变和已知、未知基因融合类型的高通量测序靶向捕获目标区域的探针和方法

摘要

本发明公开了用于检测基因突变和已知、未知基因融合类型的高通量测序靶向捕获目标区域的探针和方法。探针包括延伸探针和连接探针，所述延伸探针包括延伸臂，测序标签序列1区，保护结构1区，其中延伸臂与测序标签序列1区之间还可有UID序列1区；所述连接探针包括连接臂，测序标签序列2区和保护结构2区；其连接臂与测序标签序列2区之间还可有UID序列2区。采用本发明具有操作简便、实验周期短、成本低廉、灵敏度高、特异性高，可直接在DNA水平上检测已知和未知的基因融合类型的优点。

主权项

1.一种用于检测基因突变和已知、未知的基因融合类型的探针，其特征在于,包括延伸探针和连接探针，其中延伸探针由以下结构组成：延伸臂：与核酸模板互补结合的长度为16～50nt的序列；测序标签序列1区：用于测序平台测序的Tag1序列；是测序平台任意建库试剂盒中转座子Adapters、接头上的序列或其互补序列；保护结构1区：为3～17个硫代修饰序列或1个间臂；其中3～17个硫代修饰序列是将测序标签序列1区的5’端的3～17个碱基进行硫代修饰或任意的一段3‑17个碱基进行硫代修饰；用于保护探针，阻止外切酶酶切；优选的，为3～7个硫代修饰序列或1个间臂；所述延伸探针的延伸臂与测序标签序列1区之间还有UID序列1区；优选的，所述UID序列1区由3～12个随机碱基组成，用于区分原始模板的标签序列；所述连接探针由以下结构组成：连接臂：与核酸模板互补结合的长度为16～50nt序列，在合成探针时，连接臂5’端进行磷酸化修饰，也可以自行通过磷酸化反应对5’端进行磷酸化修饰；测序标签序列2区：用于测序平台测序的Tag2序列；是测序平台任意建库试剂盒中转座子Adapters、接头上的序列或其互补序列；保护结构2区：为3～19个硫代修饰序列或1个间臂，用于保护探针，阻止外切酶酶切；其中3～19个硫代修饰序列是将测序标签序列2区的3’端的3～19个碱基进行硫代修饰或任意的一段3‑19个碱基进行硫代修饰；优选的，为3～7个硫代修饰序列或1个间臂。