[发明专利]一种对玉米SNP标记组合进行捕获测序的方法及其应用有效
| 申请号： | 201810089343.8 | 申请日： | 2018-01-30 |
| 公开（公告）号： | CN108060261B | 公开（公告）日： | 2021-01-15 |
| 发明（设计）人： | 邹继军;卢东林;阮详经;谈存梅;李晓鹏 | 申请（专利权）人： | 袁隆平农业高科技股份有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6895 | 分类号： | C12Q1/6895;C12Q1/6869;C12N15/11 |
| 代理公司： | 北京路浩知识产权代理有限公司 11002 | 代理人： | 王文君;王璐 |
| 地址： | 410001 湖南省*** | 国省代码： | 湖南;43 |
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| 摘要： | 本发明涉及分子生物学与生物信息学领域，具体公开了一种对玉米SNP标记组合进行捕获测序的方法及其应用。本发明通过筛选可覆盖玉米10条染色体的904个SNP标记，并通过两步PCR完成捕获过程，所采用的建库方法可以兼容Illumina HiseqX二代测序平台，采用2*150测序模式，对捕获片段进行高通量测序，其成本是现有捕获测序技术四分之一。相对于其它SNP标记基因型分型技术，例如芯片检测和单个SNP位点检测的KASP技术，本发明的检测成本是其十分之一甚至更低，在实际育种过程中具有广泛的应用前景。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 玉米 snp 标记 组合 进行 捕获 方法 及其 应用 | ||
【主权项】：
1.一种对玉米SNP标记组合进行捕获测序的方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)针对表1～表3中904个SNP标记，设计904对引物用于分别扩增包含所述SNP标记在内的序列；(2)以待测玉米基因组DNA为模板，利用所述904对引物进行多重PCR扩增；(3)以步骤(2)得到的扩增产物为模板，利用带有illumina测序接头的上游引物，与带有illumina测序接头和样品barcode的下游引物，进行第二轮扩增，得到连接有测序接头和样品barcode的扩增产物；(4)利用illumina二代测序仪HiSeq X对步骤(3)所得扩增产物进行高通量测序，通过生物信息学方法对测序数据进行分析获取待测玉米SNP标记的基因型。
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