[发明专利]一种肿瘤新生抗原的鉴定方法有效
| 申请号： | 201810101691.2 | 申请日： | 2018-02-01 |
| 公开（公告）号： | CN108388773B | 公开（公告）日： | 2019-11-19 |
| 发明（设计）人： | 莫凡;陈荣昌;罗凯;马志明;周秀卿;黄灵灵 | 申请（专利权）人： | 杭州纽安津生物科技有限公司 |
| 主分类号： | G16B30/10 | 分类号： | G16B30/10;G16B20/50;G16B20/30 |
| 代理公司： | 33283 杭州天昊专利代理事务所(特殊普通合伙) | 代理人： | 向庆宁;黄芳<国际申请>=<国际公布>= |
| 地址： | 310051 浙江省杭州市滨*** | 国省代码： | 浙江;33 |
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| 摘要： | 本发明提供了一种能够从NGS数据中分析出个体样本的肿瘤特异性抗原的方法；本发明能够利用NGS数据，快速准确的分析出个体样本的肿瘤特异性抗原，为医生的诊断和分析提供参考依据，并且可同步进行正常细胞和肿瘤细胞与人类参考基因组的比对，分析时间短，分析效率高。 | ||
| 搜索关键词： | 肿瘤特异性抗原 个体样本 分析 参考依据 分析效率 正常细胞 肿瘤细胞 基因组 抗原 比对 肿瘤 诊断 参考 医生 | ||
【主权项】：
1.一种肿瘤新生抗原的鉴定方法，包括以下步骤：/nS1：获取肿瘤患者的正常细胞测序结果和癌变细胞测序结果；/nS2：分别将正常细胞测序结果的短读段序列和癌变细胞测序结果的短读段序列比对到人类参考基因组，分别获得正常细胞的比对结果和癌变细胞的比对结果；/nS3：从短读段的比对结果中检出所有可信的突变并进行功能注释，突变包含胚系突变和体细胞突变，功能注释的范围包含所有突变；/nS4：根据突变的注释结果，罗列出所有由这些突变或突变的组合而产生的抗原肽段；/nS4.1、根据转录本编号从ensembl数据库中找出正常的核苷酸序列，按照突变的功能注释将核苷酸序列上相应位置的核苷酸做出修改，得到一条包含所有突变的核苷酸序列；/nS4.2、将包含所有突变的转录本核苷酸序列翻译成多肽序列；/nS4.3、顺序获取多肽序列上的突变为当前突变，以当前突变为中心、向前截取n个氨基酸和向后截取m个氨基酸获得多肽序列，n为HLA分型所能呈递的最大长度，m为HLA分型所能呈递的最大长度、或者m为从当前突变到第一个终止密码子的长度；m≥n；/nS4.4、在多肽序列依次截取长度为N的短肽，N为HLA分型结合需要的长度，将包含当前突变的N条短肽用于步骤6；/nS5：从步骤S1中的正常细胞测序结果获得正常细胞的HLA分型，和从步骤S1中的癌变细胞测序结果获得癌变细胞的HLA（人类白细胞抗原）分型，分别预测正常细胞的HLA分型和癌变细胞的HLA分型与步骤S4获得抗原肽段在细胞环境的结合能力；/nS6：筛选出与患者HLA分型结合能力好的抗原肽段；/nS7：从步骤S6筛选出的抗原肽段中找出肿瘤抗原。/n
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