[发明专利]一种基于Spark框架的重测序序列比对方法在审
| 申请号： | 201810133759.5 | 申请日： | 2018-02-09 |
| 公开（公告）号： | CN110136777A | 公开（公告）日： | 2019-08-16 |
| 发明（设计）人： | 郑志春;郭宁;魏彦杰;冯圣中;周家秀 | 申请（专利权）人： | 深圳先进技术研究院 |
| 主分类号： | G16B30/00 | 分类号： | G16B30/00 |
| 代理公司： | 深圳市科进知识产权代理事务所(普通合伙) 44316 | 代理人： | 赵勍毅 |
| 地址： | 518055 广东省深圳*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明涉及计算机科学与生物信息学技术领域，特别涉及一种基于Spark框架的重测序序列比对方法；在本发明中包括三个步骤，分别为RDDs创建步骤、Map步骤和Reduce步骤，先是基于FASTQ文件创建相应的RDDs，并储存在HDFS中；再将BWA的序列比对算法应用到每一个RDDs上，同时RDDs进行多节点映射；最后根据处理需求选择是否执行最后的合并阶段；本发明将重测序流程中使用的序列比对BWA集成到Spark大数据处理框架中，通过分布式计算的方式完成重测序的比对流程优化，从而有效提高重测序数据分析的效率。 | ||
| 搜索关键词： | 比对 测序序列 测序 生物信息学技术 数据处理框架 序列比对算法 分布式计算 计算机科学 测序数据 处理需求 流程优化 三个步骤 文件创建 序列比对 多节点 映射 储存 合并 创建 应用 分析 | ||
【主权项】：
1.一种基于Spark框架的重测序序列比对方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤S1、RDDs创建步骤，基于FASTQ文件创建相应的RDDs，并储存在HDFS中；步骤S2、Map步骤，将BWA的序列比对算法应用到每一个RDDs上，同时RDDs进行多节点映射；步骤S3、Reduce步骤，根据处理需求选择是否执行最后的合并阶段。
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