[发明专利]基于网络平台的全基因组选择育种值无偏估计工具GS1.0

摘要

本发明涉及一种利用基于网络平台的全基因组选择育种值无偏估计工具GS1.0的创建及运用其进行全基因组选择中育种值无偏估计的方法。将BLUP与REML的方法结合，利用R撰写可供Linux环境下运行的无偏估计工具GS1.0，并整合到数据库网站平台，方便用户远程分析使用；所创建的育种值无偏估计分析工具GS1.0完全免费，开放友好，能够为更多的育种工作者服务，加快育种进程。该分析工具主要应用于作物基于全基因组选择的分子育种。

主权项

1.一种利用R编写的可供Linux环境下运行的全基因组选择育种值分析工具GS1.0的方法，按照如下步骤进行：1)通过后台代码读取混合线性模型的函数文件；2)函数文件负责调取模拟基因型和模拟表型数据文件，并定义混合线性模型所需的各参数；3)将上述全基因组选择育种值估计分析工具GS1.0的代码整合进RFGB数据库网站，通过如下网络地址：http：//www.rmbreeding.cn/tool/gs1.0实现远程访问，其网页界面如图1所示；4)读取上传的实际群体基因型文件数据，csv格式如图2所示，其中横向为样本，纵向为SNP位点；5)读取上传的实际群体表现型文件数据，格式如图3所示；6)读取上传的系谱数据文件数据，即KK文件，格式如图4所示；7)根据实际群体的数据代入混合线性模型，通过BLUP方法，估计个体育种值；8)生成分析结果文件列表如图5所示，输出的主要结果文件格式如图6所示。