[发明专利]支持SIMD的序列比对方法及装置有效
| 申请号： | 201810216966.7 | 申请日： | 2018-03-16 |
| 公开（公告）号： | CN110310705B | 公开（公告）日： | 2021-05-14 |
| 发明（设计）人： | 谭光明;张中海;牛钢;曾平 | 申请（专利权）人： | 北京哲源科技有限责任公司 |
| 主分类号： | G16B30/10 | 分类号： | G16B30/10 |
| 代理公司： | 北京泛华伟业知识产权代理有限公司 11280 | 代理人： | 王勇;苏晓丽 |
| 地址： | 100095 北京市海淀*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明提供一种支持SIMD的序列比对方法，包括根据查询序列和参考序列的长度确定得分矩阵的行数和列数；根据指定的宽度值确定得分矩阵在行方向和列方向上的扩展区间；基于查询序列和参考序列的比对，确定得分矩阵在所述扩展区间内相应各元素的得分，同时将处于扩展区间之外的元素全部清零；然后根据所确定的得分矩阵获取查询序列相对于参考序列的局部最大相似片段。该方法能充分利用SIMD来提高序列比对的计算效率。 | ||
| 搜索关键词： | 支持 simd 序列 方法 装置 | ||
【主权项】：
1.一种支持SIMD的序列比对方法包括：s1)根据查询序列和参考序列的长度确定得分矩阵的行数和列数；s2)根据指定的宽度值确定得分矩阵在行方向和列方向上的扩展区间；s3)在查询序列和参考序列的比对过程中，确定得分矩阵在所述扩展区间内相应各元素的得分，同时将处于扩展区间之外的元素全部清零；s4)根据所获得的得分矩阵获取查询序列相对于参考序列的局部最大相似片段。
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