[发明专利]一种基于序列比对的分析DNA突变类型的方法有效
申请号: | 201810264214.8 | 申请日: | 2018-03-28 |
公开(公告)号: | CN108573128B | 公开(公告)日: | 2020-08-07 |
发明(设计)人: | 高瑞;赵宇晴 | 申请(专利权)人: | 山东大学 |
主分类号: | G16B20/20 | 分类号: | G16B20/20 |
代理公司: | 济南圣达知识产权代理有限公司 37221 | 代理人: | 王志坤 |
地址: | 250061 山东*** | 国省代码: | 山东;37 |
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摘要: | 本发明公开了一种基因表达中一类遗传变异算法分析突变类型的基于计算机的方法,在计算机中输入野生型DNA1序列和突变型DNA2序列,通过算法直接可以详细输出了突变类型,发生突变的位置,和碱基变化情况,最后,仿真结果验证了该算法的有效性,该遗传变异算法具有准确,高效,省时,省力的优点,而且其结果明确,每个变异基因都有清晰的显示。 | ||
搜索关键词: | 一种 基于 序列 分析 dna 突变 类型 方法 | ||
【主权项】:
1.一种基于序列比对的分析DNA突变类型的方法,其特征在于,包括以下步骤:步骤1:在所述计算机中输入野生型DNA1和突变型DNA2序列;步骤2:比对野生型DNA1和突变型DNA2序列,确定第一个不同的突变碱基i,并比对i后三位碱基i+1、i+2和i+3是否相同,若DNA1和DNA2中i+1~i+3三位碱基比对相同转步骤3;若不同则转步骤4;步骤3:判断突变碱基i是否导致终止密码子的形成,是则判断突变类型为无意义突变,计算机输出结果,结束;否则判断为错义突变,计算机输出结果,结束;步骤4:在碱基i的基础上滑动N个碱基,其中N≥1,直到发现DNA1和DNA2中i+1~i+3三位碱基比对相同,则滑动停止,进入步骤5;步骤5:根据步骤4滑动的碱基个数N进行判断,若滑动碱基个数N=1,则判断突变类型为插入突变和缺失突变,计算机输出结果,结束;若滑动碱基个数N≠1则进行步骤6;步骤6:判断滑动碱基个数N是否被3整除,是则判断为重复延伸,输出结果,结束;否则判断为复制突变,计算机输出结果,结束。
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