[发明专利]一种GROMACS云计算流程控制方法有效
| 申请号： | 201810443967.5 | 申请日： | 2018-05-10 |
| 公开（公告）号： | CN108664729B | 公开（公告）日： | 2021-11-23 |
| 发明（设计）人： | 孙广旭;彭春望;杨明俊;肖辉;刘阳;马健;赖力鹏;温书豪 | 申请（专利权）人： | 深圳晶泰科技有限公司 |
| 主分类号： | G16C10/00 | 分类号： | G16C10/00;G06F30/20;H04L29/08;G06F119/08;G06F119/14 |
| 代理公司： | 深圳市科吉华烽知识产权事务所(普通合伙) 44248 | 代理人： | 胡玉 |
| 地址： | 518000 广东省深圳市福田*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明提供一种GROMACS云计算流程控制方法，包括以下几个步骤：步骤（1）：从ArangoDB数据库，获取聚类排位得到的能量靠前的几个晶体结构的.res或.cif文件，然后得到GROMACS的结构文件；步骤（2）：从ArangoDB数据库，获取力场开发研究得到的最佳力场参数.prm和.rtf，然后调用yoda库函数自动转换成GROMACS的力场参数文件；步骤（3）：根据不同阶段对应的模拟类型，调用yoda库函数自动生成对应的GROMACS的模拟参数文件；步骤（4）：调用mixc库函数，将GROMACS计算和分析任务提交到Majorana任务调度平台；步骤（5）给每个结构对应的同批次任务添加相应的监控任务，实时获取任务的执行状态；步骤（6）待所有的任务都执行完成后，从ArangoDB数据库获取相应的分析结果，调用matplotlib绘图库，直接在jupyter中作出相应的曲线。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 gromacs 计算 流程 控制 方法 | ||
【主权项】：
1.一种GROMACS云计算流程控制方法，其特征在于，包括以下几个步骤：步骤（1）：从ArangoDB数据库，获取聚类排位得到的能量靠前的几个晶体结构的.res或.cif文件，然后调用yoda库函数进行对称性操作、格式转化和晶胞扩展，得到GROMACS的结构文件；步骤（2）： 从ArangoDB数据库，获取力场开发研究得到的最佳力场参数.prm和.rtf，然后调用yoda库函数自动转换成GROMACS的力场参数文件；步骤（3）：根据不同阶段对应的模拟类型，调用yoda库函数自动生成对应的GROMACS的模拟参数文件；步骤（4）：调用mixc库函数，将GROMACS计算和分析任务提交到Majorana任务调度平台；步骤（5）：给每个结构对应的同批次任务添加相应的监控任务，实时获取任务的执行状态；步骤（6）：待所有的任务都执行完成后，从ArangoDB数据库获取相应的分析结果，调用matplotlib绘图库，直接在jupyter中作出相应的曲线。
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