[发明专利]一种基于二代测序的T细胞受体库分析方法及装置

摘要

本公开公开了一种基于二代测序的T细胞受体库分析方法及装置，针对5'RACE扩增TCR库的方法，设计的一套一体化、操作简便的TCR库分析方法，通过perl程序语言调用序列比对工具blat为内核与参考序列进行序列比对，基于TCR基因的参考坐标，注释比对结果，输出内容包含了当前TCR库分析中公认的各类指标，使得非生物信息专业人员可也以快速的得到样本TCR库的分析结果。

主权项

1.一种基于二代测序的T细胞受体库分析方法，其特征在于，所述分析方法包括以下步骤：步骤1，将测序数据中以3'端开头为引物序列的测序数据筛选出来获得第一序列集；步骤2，在第一序列集中截取TCR范围内的目标序列片段获得第二序列集；步骤3，统计第二序列集内每种序列出现的次数并将第二序列集去除重复序列，并按照序列出现的次数从大到小排序获得第三序列集；步骤4，调用序列比对工具blat将第三序列集中的序列逐个与参考基因组序列进行比对，获取第三序列集中每一序列对应到参考基因组上的位置信息得到第四序列集；步骤5，根据TCR区域V、J基因的参考坐标注释出第四数据集中的每个片段所在位置的基因信息得到注释后的第五序列集；步骤6，筛选出第五序列集中同时覆盖TCR区域V、J基因的序列获得第六序列集；步骤7，将第六序列集中的序列进行核苷酸到氨基酸的密码子翻译后将翻译后的每个序列按照TCRV‑CDR3‑TCRJ顺序分解成为第七序列集；步骤8，根据第七序列集中所包含的序列、频数、所在基因信息统计出第七序列集的TCR库的序列数、种类数、分布的香农熵、辛普森指数。