[发明专利]一种基于家蚕组织样品进行大规模蛋白质组学鉴定的方法

摘要

本发明涉及一种基于家蚕组织样品进行大规模蛋白质组学鉴定的方法，包括家蚕蛋白质组学样品前处理、分级肽段质谱上机检测和构建家蚕蛋白质数据库。通过优化蛋白提取方法，并采用高pH分级方法将肽段分8级，能尽可能多的提取到家蚕脂肪体样品，提升蛋白质鉴定数目；通过优化上样量和色谱梯度时间防止上样量过大造成样品喷针堵塞；通过优化色谱梯度时间缩短检测时间；建立了含有21878条蛋白质序列的Streamline数据库，该种数据库不仅能鉴定到更多的蛋白质数目，并且该数据库去除了冗余序列，有利于后期蛋白质组学数据分析。本发明建立了稳定、高效的家蚕蛋白质组学鉴定平台，对家蚕蛋白质组学大规模鉴定具有重要意义。

主权项

1.一种基于家蚕组织样品进行大规模蛋白质组学鉴定的方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)家蚕蛋白质组学样品前处理：取家蚕脂肪体，加入100mM DTT/8M尿素溶液，样品放在冰上，利用G50组织研磨器对样品进行研磨，使样品充分溶解，离心收集上清液；上清液用FASP酶解方法对样品进行酶解，利用高pH分级方法将肽段分成8级，利用真空冷冻干燥仪将各组分冻干；(2)分级肽段质谱上机检测：将每级肽段分别加入50μL体积分数为0.1％的甲酸水溶解，上样量为8μL，有效色谱梯度时间为120min；(3)家蚕蛋白质组学数据库：利用90％阈值对NCBI、SilkDB、Silkworm和Uniprot 4个家蚕蛋白质数据库的冗余序列进行去除，得到数据库Streamline，原始数据采用MaxQuant进行搜库。