[发明专利]一种优化外源基因在大肠杆菌中翻译速度的方法有效
| 申请号： | 201810493075.6 | 申请日： | 2018-05-22 |
| 公开（公告）号： | CN108681658B | 公开（公告）日： | 2021-09-21 |
| 发明（设计）人： | 叶远浓;张晓娅;黄梦雅;曾柱 | 申请（专利权）人： | 贵州医科大学 |
| 主分类号： | G16B30/00 | 分类号： | G16B30/00;G16B40/00 |
| 代理公司： | 西安汇恩知识产权代理事务所(普通合伙) 61244 | 代理人： | 孔德超 |
| 地址： | 550025*** | 国省代码： | 贵州;52 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种优化外源基因在大肠杆菌中翻译速度的方法，包括如下步骤：首先，对于SD序列类似结构使基因翻译短暂停顿的效应，将成对的氨基酸的所有密码子组合情况都与大肠杆菌SD序列进行序列比对，使用大肠杆菌SD类似结构效应重新定义的偏好密码子；然后，再结合tRNA循环使用效应，将序列中会表达为同种氨基酸的密码子全部转换为重新定义之后的偏好密码子。本发明结合了密码子偏好性效应、tRNA的循环使用效应及SD序列类似结构使翻译短暂停顿效应等理论知识，针对大肠杆菌设计出综合三种效应的、合理的算法来对外源基因的密码子使用情况进行优化。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 优化 基因 大肠杆菌 翻译 速度 方法 | ||
【主权项】：
1.一种优化外源基因在大肠杆菌中翻译速度的算法，其特征在于：包括如下步骤：首先，对于SD序列类似结构使基因翻译短暂停顿的效应，将成对的氨基酸的所有密码子组合情况都与大肠杆菌SD序列进行序列比对，其中必然有一个最不类似的密码子组合，那么对于400种成对氨基酸的组合都有最优的密码子组合与之相对应；将这400种最优密码子组合整理出来，然后对这400种最优密码子组合中的每种氨基酸的密码子进行计数，对于每种氨基酸的密码子，在这400种最优密码子组合中的计数次数最多的说明其最优的可能性最大，将其作为该种氨基酸的最优密码子，即使用大肠杆菌SD类似结构效应重新定义的偏好密码子；然后，再结合tRNA循环使用效应，将序列中会表达为同种氨基酸的密码子全部转换为重新定义之后的偏好密码子。
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