[发明专利]一种基于结点关系对的复合功能模块识别方法及系统

摘要

本发明公开了一种基于结点关系对的复合功能模块识别方法，包括以下步骤：利用Elastic Net预测调控关系，构建出复合生物网络；根据提出的结点关系对R‑pair概念，将含有R‑pair结构的初始功能子模块作为核，用于在复合网络中识别出复合功能模块CMFM。本发明实现简单，与现有方法比，具有较高的识别效率，同时能找到具有更强生物意义的模块，对于复杂疾病的诊断和预后分析具有重要的理论意义和实用价值。

主权项

1.一种基于结点关系对的复合功能模块识别方法，包括以下步骤：1)构建复合网络根据调控者miRNA和靶基因mRNA的表达谱数据和miRNA‑mRNA靶点信息，运用多元线性回归模型预测miRNA‑mRNA调控关系，得到miRNA‑mRNA调控网络；根据mRNA和mRNA之间的相互作用关系，得到mRNA‑mRNA互作网络；2)寻找初始功能子模块集合在miRNA‑mRNA调控网络中寻找最大二分团，从互作网络寻找与之相关的mRNA‑mRNA互作边，尝试将所述mRNA‑mRNA互作边加入到对应的最大二分团中，过滤掉不含R‑pair结构的最大二分团；得到初始功能子模块集合；3)加入mRNA结点、互作边和调控边对初始功能子模块集合中的每一个初始功能子模块，从mRNA‑mRNA互作网络中寻找与之相关的mRNA邻居结点、互作边，从miRNA‑mRNA调控网络中寻找对应的调控边，将所述mRNA结点、互作边和调控边添加到对应的初始功能子模块中，得到中间功能子模块集合；4)加入miRNA结点和调控边对中间功能子模块集合中的每一个中间功能子模块，从miRNA‑mRNA调控网络中寻找与之相关的miRNA和调控边，按第三规则将所述miRNA和调控边添加到对应的中间功能子模块中，得到最终功能子模块集合，以所述最终功能子模块集合作为识别的复合功能模块。