[发明专利]真核生物保守转录因子结合位点聚集区TFCR的识别方法与应用在审
申请号: | 201810554100.7 | 申请日: | 2018-05-31 |
公开(公告)号: | CN108733977A | 公开(公告)日: | 2018-11-02 |
发明(设计)人: | 陈河兵;李昊;李宛莹;江帅;李睿江;张卓;伯晓晨 | 申请(专利权)人: | 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 |
主分类号: | G06F19/18 | 分类号: | G06F19/18 |
代理公司: | 北京超凡志成知识产权代理事务所(普通合伙) 11371 | 代理人: | 王宏 |
地址: | 100000 北*** | 国省代码: | 北京;11 |
权利要求书: | 查看更多 | 说明书: | 查看更多 |
摘要: | 本发明提供了真核生物保守转录因子结合位点聚集区TFCR的识别方法与应用,属于生物信息技术领域。本发明提供的真核生物保守转录因子结合位点聚集区TFCR的识别方法,通过将测序得到基因组数据和转录因子数据,通过高斯分布计算,得到目标物种的转录因子结合位点碱基序列,通过多个物种的序列比对,得到物种保守的转录因子结合位点聚集区;因此可以将该方法应用到物种基因功能或者进化的研究中。 | ||
搜索关键词: | 转录因子结合位点 聚集区 真核生物 物种 生物信息技术 基因组数据 高斯分布 碱基序列 目标物种 物种基因 序列比对 转录因子 测序 应用 进化 研究 | ||
【主权项】:
1.真核生物保守转录因子结合位点聚集区TFCR的识别方法,其特征在于,所述识别方法包括以下步骤:以目标物种的转录因子结合位点为中心点,以固定碱基数步长进行高斯分布计算;将所述目标物种的基因组的所述转录因子结合位点的高斯分布进行累加,得到TFCR密度曲线;取所述TFCR密度曲线的中心峰值点,计算得到与所述中心峰值点具有高斯信号的远端转录因子结合位点,在所述远端转录因子结合位点添加半数所述固定碱基数步长,得到所述目标物种的转录因子结合位点序列;将另外多个参考物种与所述目标物种的所述TFCR进行同源比对;所述多个参考物种与所述目标物种的所述TFCR的碱基重叠区域,既是得到真核生物保守转录因子结合位点聚集区TFCR。
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G06 计算;推算;计数
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