[发明专利]一种分析木聚糖酶热稳定性影响因素的方法

摘要

本发明属于计算机应用技术领域，尤其涉及一种分析木聚糖酶热稳定性影响因素的方法，本发明利用引入蛋白质序列信息(残基匹配度)的残基相互作用网络比对算法，发现了两木聚糖酶结构上的保守和差异区域，分析影响两者结构稳定性和耐热性的因素，从而研究木聚糖酶的耐热机理，该方法为从网络的角度研究木聚糖酶的蛋白质结构与热稳定性的关系提供了一个新的途径。

主权项

1.一种分析木聚糖酶热稳定性影响因素的方法，其特征在于：将来自嗜热子囊菌(Thermoascus aurantiacus)的耐热型木聚糖酶和来自变铅青链霉菌(Streptomyces lividans)的常温型木聚糖酶编码为两个残基相互作用网络，使用残基相互作用网络比对算法进行网络比对，采用下列步骤：步骤1：木聚糖酶残基相互作用网络构建：根据RCSBPDB数据库描述的氨基酸残基的Cα的位置，计算任意氨基酸残基X与氨基酸残基Y(X≠Y)之间的距离，当残基X与残基Y之间的距离小于时，认为残基X与Y之间存在相互作用，以氨基酸残基作为网络的节点，以氨基酸残基间的相互作用作为网络的边，构建残基相互作用网络，并将残基相互作用网络建模为无加权图，设耐热型木聚糖酶和常温型木聚糖酶的残基相互作用网络分别为G₁和G₂，G₁＝(V₁，E₁)，G₂＝(V₂，E₂)，V₁和V₂表示节点的集合，E₁和E₂表示边的集合；步骤2：网络比对的算法框架：残基相互作用网络比对算法基于遗传算法的框架，通过适应度函数和交叉函数评价并优化比对，迭代以获得最优比对；所述适应度函数F定义为：F＝α×TopoScore(f)+(1‑α)×SeqScore(f)，α∈[0，1]，其中TopoScore(f)表示拓扑信息，SeqScore(f)表示序列信息，权重α用来调整拓扑信息和序列信息对比对的影响作用，使用对称子结构得分(S3)作为拓扑信息TopoScore(f)，使用残基匹配度矩阵作为序列信息SeqScore(f)，权重α＝0.7。