[发明专利]一种快速比对基因数据的方法和比对系统

摘要

本申请实施例公开了一种快速比对基因数据的方法，包括：FPGA从缓存中读取待比对基因和参考基因，待比对基因长度为L；FPGA根据待比对基因和预设算法从参考基因中确定多个目标种子，目标种子为与待比对基因匹配的一定长度的基因序列；FPGA从多个目标种子选取相似度最高的种子作为最优种子；FPGA根据最优种子在参考序列中的位置截取预设长度的基因序列得到估计序列，估计序列的长度大于或等于最优种子的长度；FPGA将最优种子和估计序列通过计算最短编辑距离对最优种子进行评分，评分用于指示最优种子的准确性和真实性；FPGA根据最优种子的评分输出最优的比对结果。可改善算法执行时的吞吐率性能,提高基因比对的效率。

主权项

1.一种快速比对基因数据的方法，其特征在于，所述快速比对基因数据的方法应用于比对系统中，所述比对系统包括主机和现场可编程门阵列FPGA，所述方法包括：所述FPGA从缓存中读取待比对基因和参考基因，所述待比对基因长度为L；所述FPGA根据所述待比对基因和预设算法从所述参考基因中确定多个目标种子，所述目标种子为与所述待比对基因匹配的一定长度的基因序列；所述FPGA从所述多个目标种子选取相似度最高的种子作为最优种子；所述FPGA根据所述最优种子在所述参考序列中的位置截取预设长度的基因序列得到估计序列，所述估计序列的长度大于或等于所述最优种子的长度；所述FPGA将所述最优种子和所述估计序列通过计算最短编辑距离对所述最优种子进行评分，所述评分用于指示所述最优种子的准确性和真实性；所述FPGA根据所述最优种子的评分输出最优的比对结果。