[发明专利]亚群特异共表达网络鉴定方法

摘要

本发明公开了一种亚群特异共表达网络鉴定方法。本发明提供了一种待测样本亚群特异共表达网络鉴定方法，包括如下步骤：1)将待测样本亚群中每个样本的各个基因原始UMI数量数值均一化处理；2)将原始UMI均一化结果过滤，3)计算过滤后基因的两两加权中值相关bicor；4)将加权中值相关结果过滤，得到强共表达基因关系对；5)将所述待测细胞亚群过滤后的强共表达基因关系对，减掉在该亚群中所有细胞中均出现共有的强共表达的基因关系对，即得到该细胞亚群特异的共表达基因对；再用所述该细胞亚群特异的共表达基因对构建出待测样本亚群特异基因共表达网络。本发明针对亚群的方法更有针对性，更为灵敏。

主权项

1.一种待测样本亚群特异共表达网络鉴定方法，包括如下步骤：/n1)将待测样本亚群中每个样本的各个基因原始UMI数量进行数值均一化处理，得到待测样本亚群中每个样本中每个基因的原始UMI均一化结果；/n2)将所述待测样本亚群中每个样本中每个基因的原始UMI均一化结果按照满足如下原则A进行过滤，得到待测样本亚群中过滤后基因：/n所述原则A为如下(a)或(b)：/n(a)如果某个基因在其所在样本亚群的大于等于80％的样本中原始UMI均一化结果都为0，则过滤掉该基因，保留其余基因；/n(b)如果某个基因的原始UMI均一化结果在其所在样本亚群中变异系数cv小于阈值，则过滤掉该基因，保留其余基因；/n3)计算所述待测样本亚群中过滤后基因的两两加权中值相关，得到待测样本亚群中所有样本所有基因对的加权中值相关结果；/n4)将所述待测样本亚群中所有样本所有基因对的加权中值相关结果按照如下原则B过滤，得到待测样本亚群过滤后的强共表达基因关系对：/n所述原则B为如下(c)或(d)：/n(c)将所述待测样本亚群中所有样本所有基因对的加权中值相关结果从小到大依次排列，取基因对中加权中值相关最大的5％的基因对和最小的5％的基因对；/n或，(d)根据所述待测样本亚群中所有样本所有基因对的加权中值相关结果自定义的阈值，取加权中值相关结果绝对值大于阈值的基因关系对；/n5)将所述待测样本亚群过滤后的强共表达基因关系对，减掉在该亚群中所有样本中均出现共有的强共表达基因关系对，即得到该样本亚群特异的共表达基因对；/n再用所述该样本亚群特异的共表达基因对构建出待测样本亚群特异基因共表达网络。/n