[发明专利]一种分子动力学模拟中邻接表快速建立方法和系统有效
| 申请号： | 201810770153.2 | 申请日： | 2018-07-13 |
| 公开（公告）号： | CN109032667B | 公开（公告）日： | 2020-09-15 |
| 发明（设计）人： | 李士刚;李琨;陈一峯;张云泉 | 申请（专利权）人： | 中国科学院计算技术研究所 |
| 主分类号： | G06F9/30 | 分类号： | G06F9/30;G06F16/22 |
| 代理公司： | 北京律诚同业知识产权代理有限公司 11006 | 代理人： | 祁建国;梁挥 |
| 地址： | 100080 北*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种分子动力学模拟中邻接表快速建立方法和系统，包括：通过二进制数表示每一个粒子的整数坐标，从多个粒子中选择待比较的粒子对，并将粒子对中的第一粒子的整数坐标与第一掩码进行按位或运算后减去粒子对中的第二粒子的整数坐标，得到第一差值，将第二粒子的整数坐标与第一掩码进行按位或运算后减去第一粒子的整数坐标，得到第二差值；第一差值和第二差值分别与第二掩码进行按位与运算，得到第一运算值和第二运算值，若第一运算值与第二运算值按位与为0，并且第一运算值左移1位后与第二运算值按位与为0，并且第一运算值右移1位后与第二运算值按位与为0，则将第一粒子存储到第二粒子的邻接表中。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 分子 动力学 模拟 邻接 快速 建立 方法 系统 | ||
【主权项】：
1.一种分子动力学模拟中邻接表快速建立方法，其特征在于，包括：步骤1、获取包含多个粒子的三维模拟区域，并通过二进制数表示每一个粒子的三维坐标，作为每一个粒子的整数坐标，从多个粒子中选择待比较的粒子对，并将该粒子对中粒子分别命名为第一粒子与第二粒子；步骤2、将该第一粒子的整数坐标与第一掩码进行按位或运算后减去该第二粒子的整数坐标，得到第一差值，将该第二粒子的整数坐标与该第一掩码进行按位或运算后减去该第一粒子的整数坐标，得到第二差值；步骤3、该第一差值和该第二差值分别与第二掩码进行按位与运算，得到第一运算值和第二运算值，若该第一运算值与该第二运算值按位与等于0，并且该第一运算值左移1位后与该第二运算值按位与等于0，并且该第一运算值右移1位后与该第二运算值按位与等于0，则将第一粒子存储到第二粒子的邻接表中，并将第二粒子存储到第一粒子的邻接表中。
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