[发明专利]一种量化miRNA对相关疾病基因影响程度的方法

摘要

本发明公开了一种量化miRNA对相关疾病基因影响程度的方法，包括如下步骤：①确定miRNA‑mRNA调控关系表；②基因差异表达分析，确定显著差异变化的基因；③计算miRNA表达变化矩阵(ΔEmiR)和mRNA表达变化矩阵(ΔEGene)；④根据miRNA表达变化矩阵及miRNA‑mRNA调控关系表，计算所有miRNAs对靶基因mRNA的协同效应(ΔR)；⑤计算mRNA表达变化与ΔR之间的皮尔森相关系数，获得显著负相关的基因；⑥计算单个miRNA对相应靶基因mRNA的影响。本发明考虑多个miRNAs对靶基因mRNA的协同作用效果，并提出了量化miRNA对其影响的方法。该方法对于筛选在疾病发生发展中起到关键作用的miRNA具有重要的意义。

主权项

1.一种量化miRNA对相关疾病基因影响程度的方法，靶基因mRNA受到多个miRNA的协同影响，且每个miRNA对一个靶基因mRNA的影响正比于该mRNA表达谱的差异，反比于所述miRNA所调控的靶基因mRNA的数量，其特征在于，量化方法包括以下步骤：①从数据库中下载miRNA靶基因数据，构建靶基因数据库；②基因差异表达分析：同时获取癌组织和癌旁组织的mRNA表达谱数据，根据mRNA表达谱数据，使用软件包计算每个基因对应的经过校正的p值，校正后的p值小于0.05的基因即为差异表达基因；③计算miRNA表达变化矩阵(ΔEmiR)：根据miRNA表达谱数据，计算表达值变化矩阵ΔEmiR＝Ed‑En，其中Ed指的是疾病组表达谱中的miRNA的表达值，而En则指的是正常对照组中的miRNA的表达值；计算mRNA表达变化矩阵(ΔEGene)：根据mRNA表达谱数据，计算表达值变化矩阵ΔEGene＝Ed'‑En'，其中Ed'指的是疾病组表达谱中的mRNA的表达值，而En'则指的是正常对照组中的mRNA的表达值；④根据miRNA表达变化矩阵及miRNA‑mRNA的靶基因数据，计算多个miRNAs对同一个靶基因mRNA的协同效应ΔR，其中ΔE_miR‑i表示miR‑i表达值的变化大小，n_i表示miR‑i靶基因数量，M_j表示能够靶向mRNA_j的所有miRNAs的集合；⑤计算mRNA表达变化矩阵ΔEGene与ΔR之间的皮尔森相关系数，获得皮尔森相关系数的显著性小于0.05的基因；⑥计算每一个miRNA对相应靶基因mRNA的贡献C_ij，其中ΔE_miR‑i表示miR‑i表达值的变化大小，n_i表示miR‑i靶基因数量，M_j表示能够靶向mRNA_j的所有miRNAs的集合。