[发明专利]一种将Needleman-Wunsch算法在FPGA平台实现并优化的新方法在审
| 申请号： | 201810794180.3 | 申请日： | 2018-08-30 |
| 公开（公告）号： | CN108897987A | 公开（公告）日： | 2018-11-27 |
| 发明（设计）人： | 王忆文;王刚 | 申请（专利权）人： | 电子科技大学 |
| 主分类号： | G06F19/22 | 分类号： | G06F19/22 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 611731 四川省成*** | 国省代码： | 四川;51 |
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| 摘要： | 该发明公开了一种将Needleman‑Wunsch(以下简称N‑W)算法在FPGA平台实现并优化的新方法。本发明是围绕N‑W算法的打分与回溯两方面进行优化。N‑W算法打分方面，本发明提出优化的删减策略和优化的动态规划(Dynamic Programming)分块方案来减少FPGA实现的时间消耗和资源消耗；N‑W算法回溯方面，本发明采用简化的回溯方向，更加便于FPGA实现，本发明采用两组回溯模块，与打分系统构成流水线处理，大大提高打分系统硬件利用效率，减少序列比对的整体时间。 | ||
| 搜索关键词： | 算法 回溯 优化 流水线处理 动态规划 时间消耗 系统硬件 序列比对 资源消耗 分块 两组 | ||
【主权项】：
1.一种将Needleman‑Wunsch算法在FPGA平台实现并优化的新方法，该方法包括优化的动态规划删减策略、优化的动态规划分块策略和优化的Needleman‑Wunsch回溯方法。
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