[发明专利]一种基因序列比对的方法、系统及相关组件

摘要

本申请公开了一种基因序列比对的方法，所述方法包括确定待对比序列和参考序列，并根据参考序列确定指针表和候选对比位置表；从待对比序列中提取预设长度的种子序列，并确定种子序列的索引值；根据种子序列的索引值查询指针表和候选对比位置表判断参考序列中是否存在种子序列对应的位置信息；若是，则将种子序列作为待扩展序列，根据位置信息以参考序列为基准对待扩展序列进行扩展操作得到中间序列，并对比中间序列与待对比序列得到基因序列比对结果。本方法能够能够降低存储参考序列索引值的表的存储空间，提高基因序列比对速率。本申请还公开了一种基因序列比对的系统、一种计算机可读存储介质及一种电子设备，具有以上有益效果。

主权项

1.一种基因序列比对的方法，其特征在于，包括：确定待对比序列和参考序列，并根据所述参考序列确定指针表和候选对比位置表；其中，所述候选对比位置表为描述参考子序列在所述参考序列上的位置信息与所述参考子序列的R位索引值的后M位的对应关系，且所述索引值前R‑M位相同的参考子序列的位置信息连续排列的表，所述指针表为描述所述索引值前N位相同、第N+1位至第R‑M位不同的参考子序列在所述候选对比位置表中的偏移地址的表；所述参考子序列为按照预设长度对所述参考序列逐位提取得到；从待对比序列中提取预设长度的种子序列，并确定所述种子序列的索引值；根据所述种子序列的索引值查询所述指针表和所述候选对比位置表判断所述参考序列中是否存在所述种子序列对应的位置信息；若是，则将所述种子序列作为待扩展序列，根据所述位置信息以所述参考序列为基准对所述待扩展序列进行扩展操作得到中间序列，并对比所述中间序列与所述待对比序列得到基因序列比对结果。