[发明专利]一种作物不同分离群体间QTL比较的方法及系统

摘要

本发明提供了一种作物不同分离群体间QTL比较的方法及系统，属于生物信息学领域。该方法包括：构建遗传标记数据库、构建查询目标、匹配分子标记序列、将匹配的分子标记序列进行基因组定位以及剔除假阳性结果后确定目标性状QTL对应的基因组区域，最后实现不同群体间目标性状QTL的比较。该系统包括：遗传标记数据库模块、查询目标模块、匹配分子标记序列模块、基因组定位模块和确定目标性状QTL对应的基因组区域模块。本发明构建了遗传标记数据库，可以快速完成基因组位置信息获取，实现标记在基因组中位置的自动筛查。

主权项

1.一种作物不同分离群体间QTL比较的方法，其特征在于，含有以下步骤：(1)构建遗传标记数据库：所述数据库含有作物不同分离群体基于DNA杂交的分子标记名称和序列信息，还含有作物不同分离群体基于PCR分子标记的引物名称和序列信息，还含有所述作物不同分离群体SNP分子标记的名称和其探针序列信息；(2)构建查询目标：所述查询目标包含作物不同分离群体QTL名称及与该QTL连锁的分子标记名称，所述目标性状QTL含有至少一个连锁的分子标记，所述目标性状QTL名称和与此QTL连锁的分子标记名称的组合作为一个查询目标；(3)匹配分子标记序列：将步骤(2)所述的查询目标与步骤(1)所述的遗传标记数据库进行匹配，调取步骤(2)所述查询目标对应的分子标记序列；(4)基因组定位：若步骤(3)所述的分子标记序列是基于DNA杂交的分子标记序列或SNP分子标记序列，那么将步骤(3)所述的分子标记序列在所述作物的基因组序列数据库中进行Blast比对，得到的比对热点作为该标记潜在的基因组定位；若步骤(3)所述的分子标记序列是基于PCR分子标记序列，那么将步骤(3)所述的分子标记序列的正向引物和反向引物序列分别在所述作物的基因组序列数据库中进行Blast比对，若这两段引物序列的匹配热点位于同一条染色体上300bp‑500bp范围内，且正向引物和反向引物的匹配热点分别为DNA序列的正链和反链，那么将该两段引物序列的匹配位点作为该标记潜在的基因组定位；(5)剔除假阳性结果：判断步骤(4)所述的潜在基因组定位与对应的QTL所在染色体是否为同一条染色体；若步骤(4)所述的潜在基因组定位与对应的QTL所在染色体不是同一条染色体，则所述潜在基因组定位为假阳性，剔除该假阳性结果；再使用箱式图法进行二次筛选，筛去与QTL连锁的各个分子标记中偏离聚集区的基因组定位；(6)确定目标性状QTL对应的基因组区域：将步骤(5)得到的基因组定位中聚集在同一条染色体上聚集区域内的反应位点所对应的区间，确定为该目标性状QTL对应的基因组区域；根据各个不同分离群体的QTL是否对应同一个的基因组区域，判断是否为同一QTL。