[发明专利]一种高灵敏度高特异性错配核酸序列的设计方法在审
| 申请号： | 201810963038.7 | 申请日： | 2018-08-22 |
| 公开（公告）号： | CN109136331A | 公开（公告）日： | 2019-01-04 |
| 发明（设计）人： | 戴宗;徐梦菲;陈俊;王洋;邹小勇 | 申请（专利权）人： | 中山大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6811 | 分类号： | C12Q1/6811;C12Q1/6851 |
| 代理公司： | 广州嘉权专利商标事务所有限公司 44205 | 代理人： | 许飞 |
| 地址： | 510275 广东省广州市*** | 国省代码： | 广东;44 |
| 权利要求书： | 暂无信息 | 说明书： | 暂无信息 |
| 摘要： | 本发明公开了一种高灵敏度高特异性错配核酸序列的设计方法，通过计算错配序列和目标序列和同源干扰序列的ΔMFE值，确定候选错配核酸序列。本发明的方法，避免了错配核酸序列设计依赖于经验，大大减少了错配核酸序列，特别是错配引物的设计工作量，可以快速从大量错配核酸序列中获得少量的候选核酸序列，有利于从少量候选核酸序列中确定最佳的核酸序列。基于本方法设计的错配引物，在目标序列浓度低时，依然可以与目标序列保持较高的亲和力，同时与干扰同源序列的亲和力较差，有效提高了目标序列的扩增灵敏度，可以更好地用于高度同源核酸序列，特别是miRNA的扩增。 | ||
| 搜索关键词： | 核酸序列 错配 目标序列 候选核酸序列 错配引物 高灵敏度 扩增 亲和力 同源核酸序列 错配序列 同源序列 灵敏度 工作量 | ||
【主权项】：
1.一种错配核酸序列的设计方法，包括如下步骤：1)确定目标序列和竞争性同源序列；2)基于核酸序列二级自由能，通过MFE公式计算随机错配核酸序列与目标序列和竞争性同源序列的最小二级结构自由能MFE；3)分别计算错配核酸序列与目标序列和竞争性同源序列的最小二级结构自由能MFE的差值，记为ΔMFE；4)基于ΔMFE值，确定候选错配核酸序列。
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