[发明专利]一种基于全基因组测序检测腺嘌呤单碱基编辑系统脱靶效应的方法及其在基因编辑中的应用有效
| 申请号： | 201811160230.9 | 申请日： | 2018-09-30 |
| 公开（公告）号： | CN109295186B | 公开（公告）日： | 2023-10-03 |
| 发明（设计）人： | 松阳洲;梁普平;黄军就 | 申请（专利权）人： | 中山大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6869 | 分类号： | C12Q1/6869 |
| 代理公司： | 广州市南锋专利事务所有限公司 44228 | 代理人： | 张小黎 |
| 地址： | 510275 广东*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明提供了一种基于全基因组测序检测腺嘌呤单碱基编辑系统(Adenine base editor,ABE)脱靶效应的方法及其在基因编辑中的应用。所述腺嘌呤单碱基编辑系统由TadA:TadA*:Cas9的融合基因和gRNA两部分组分组成。其能催化靶位点处腺嘌呤(Adenine,A)至鸟嘌呤(Guanine，G)的高效置换，在人类疾病基因编辑治疗和疾病模型构建中有广泛的应用前景。为此，我们开发了首个能够检测ABE系统全基因组范围内脱靶效应的检测方法——EndoV‑seq。本发明提供的EndoV‑seq方法在基因编辑，尤其是基因编辑治疗领域，具有广泛的应用前景。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 基因组 检测 嘌呤 碱基 编辑 系统 脱靶 效应 方法 及其 基因 中的 应用 | ||
【主权项】：
1.一种基于全基因组测序检测腺嘌呤单碱基编辑系统脱靶效应的方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)、将TadA:TadA*:Cas9融合蛋白、一种或多种靶向待测DNA序列的gRNA以及基因组DNA共混后进行反应；其中，所述基因组DNA包含有待测DNA序列,在所述反应体系中，TadA:TadA*:Cas9和gRNA复合物切割与gRNA互补的待测DNA链，同时将非互补链上的腺嘌呤转变成次黄嘌呤；(2)、在步骤(1)反应后的体系中加入内切核酸酶V切割包含次黄嘌呤的DNA,造成DNA双链断裂；(3)、利用全基因组测序以及生物信息学分析检测腺嘌呤单碱基编辑系统的脱靶效应。
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