[发明专利]海洋珊瑚菌群结构分析、基因挖掘方法及设备在审
| 申请号： | 201811252030.6 | 申请日： | 2018-10-25 |
| 公开（公告）号： | CN109593865A | 公开（公告）日： | 2019-04-09 |
| 发明（设计）人： | 宁康;曹乐;周纯羽;朱雪 | 申请（专利权）人： | 华中科技大学鄂州工业技术研究院;华中科技大学 |
| 主分类号： | C12Q1/689 | 分类号： | C12Q1/689;C12Q1/04;G16B40/00 |
| 代理公司： | 武汉智嘉联合知识产权代理事务所(普通合伙) 42231 | 代理人： | 黄君军 |
| 地址： | 436044 湖北*** | 国省代码： | 湖北;42 |
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| 摘要： | 本发明实施例提供了一种海洋珊瑚菌群结构分析、基因挖掘方法及设备。其中，所述方法包括：对海洋珊瑚菌群样本的16S rRNA进行OTU聚类得到OTU表，剔除分布不均匀的OTU，采用QIIME2分析流程对海洋珊瑚菌群样本进行分析，获取海洋珊瑚菌群的分类结果，并获取海洋珊瑚菌群的组成结构及丰度；对分类后的海洋珊瑚菌群进行Core/Pan物种分析，获取海洋珊瑚菌群中的细菌在形成海洋珊瑚共生体过程中发挥的功能，并构建海洋珊瑚与细菌关系网络及海洋珊瑚发育树，获取海洋珊瑚核心细菌与菌群丰度之间的相关性，挖掘具有核心生态功能的菌群基因。本发明实施例提供的海洋珊瑚菌群结构分析、基因挖掘方法及设备，有助于全面研究海洋珊瑚菌群物种与基因的多样性和分布情况。 | ||
| 搜索关键词： | 珊瑚菌 海洋 珊瑚 基因挖掘 结构分析 细菌 丰度 菌群 样本 物种 分类结果 分析流程 关系网络 生态功能 组成结构 不均匀 共生体 基因 构建 聚类 剔除 多样性 分析 发育 分类 挖掘 研究 | ||
【主权项】：
1.一种海洋珊瑚菌群结构分析、基因挖掘方法，其特征在于，包括：获取海洋珊瑚菌群样本的16S rRNA，对所述16S rRNA进行OTU聚类得到OTU表，剔除所述OTU表中分布不均匀的OTU，采用QIIME2分析流程对剔除分布不均匀的OTU后的海洋珊瑚菌群样本进行分析，获取海洋珊瑚菌群的分类结果，根据所述分类结果，获取海洋珊瑚菌群的组成结构及丰度；对分类后的海洋珊瑚菌群进行Core/Pan物种分析，获取海洋珊瑚菌群中的细菌在形成海洋珊瑚共生体过程中发挥的功能，并构建海洋珊瑚与细菌关系网络及海洋珊瑚发育树，获取海洋珊瑚核心细菌与菌群丰度之间的相关性，结合所述海洋珊瑚菌群中的细菌在形成海洋珊瑚共生体过程中发挥的功能，挖掘具有核心生态功能的菌群基因。
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