[发明专利]一种基于二代测序数据分析对宏基因组中的沙门氏菌进行鉴定及分型的方法在审
| 申请号： | 201811276598.1 | 申请日： | 2018-10-30 |
| 公开（公告）号： | CN109355410A | 公开（公告）日： | 2019-02-19 |
| 发明（设计）人： | 杨文娴 | 申请（专利权）人： | 厦门极元科技有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/689 | 分类号： | C12Q1/689;C12Q1/10;G16B30/00;C12R1/42 |
| 代理公司： | 厦门市新华专利商标代理有限公司 35203 | 代理人： | 罗恒兰 |
| 地址： | 361000 福建省厦*** | 国省代码： | 福建;35 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种基于二代测序数据分析对宏基因组中的沙门氏菌进行鉴定及分型的方法，首先构建了沙门氏菌的参考序列以及沙门氏菌的基因组池，在对检测样本中的沙门氏菌进行鉴定及分型时，将检测样本的二代测序数据与沙门氏菌的参考序列进行比对，筛除非沙门氏菌的短读长序列，得到过滤后的短读长序列；再将该过滤后的短读长序列与基因组池中的所有沙门氏菌的基因组序列进行比对，并进行优化处理，得到优化结果用以确定沙门氏菌及其类型。该方法具有检测快速而精确的优点。 | ||
| 搜索关键词： | 沙门氏菌 测序数据 长序列 分型 参考序列 宏基因组 基因组 比对 检测 过滤 样本 基因组序列 优化处理 优化结果 构建 分析 | ||
【主权项】：
1.一种基于二代测序数据分析对宏基因组中的沙门氏菌进行鉴定及分型的方法，其特征在于：所述方法包括以下步骤：步骤1、构建沙门氏菌的参考序列以及基因组池步骤1.1、以沙门氏菌独有的基因组序列区域依次首尾连接构建一条参考序列，该参考序列用于短序列过滤；在参考序列中，每相邻两段独有的基因组序列之间采用N连接；步骤1.2、构建沙门氏菌的基因组池，该基因组池中包含了所有沙门氏菌的基因组序列；步骤2、对检测样本中的沙门氏菌进行鉴定及分型步骤2.1、从检测样本中筛选出沙门氏菌；首先，对检测样本中的宏基因组进行二代测序，得到样本中宏基因组的二代测序数据；然后，将宏基因组的二代测序数据与步骤1.1中构建的沙门氏菌的参考序列进行比对，筛除非沙门氏菌独有的短读长序列，并且得到对比后的短读长序列；步骤2.2、根据步骤2.1筛选出来的沙门氏菌独有的短读长序列，通过与沙门氏菌基因组池里面的所有沙门氏菌基因组序列进行比对，对检测样本中的沙门氏菌进行分型。
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