[发明专利]一种鉴定与黄瓜嫩果皮色相关的QTL及基因的方法

摘要

本发明公开的一种鉴定与黄瓜嫩果皮色相关的QTL及基因的方法，包括：(1)母本和父本杂交获得F1，构建重组自交系RILs；(2)各株系嫩果皮颜色的鉴定和数据统计分析；(3)提取各RIL株系及其亲本基因组DNA；(4)将亲本、RIL株系基因组DNA进行全基因组重测序，并进行SNP变异检测和基因分型分析；(5)确定每个表型的LOD值阈值及其对应的QTL区段；(6)将QTL区段内的SNP检测结果比对到黄瓜参考基因组，查找相关基因，进行基因功能注释。本发明的优点在于，该方法采用高通量测序方法对自创的高代RILs进行基因型鉴定，获得传统方法不能企及的分子标记数和高密度连锁图谱，为高效准确鉴定黄瓜嫩果皮色相关基因提供支撑。

主权项

1.一种鉴定与黄瓜嫩果皮色相关的QTL及基因的方法，其特征在于，该方法包括如下步骤，(1)选取母本和父本，母本和父本杂交获得F1，经单粒传的方法构建出重组自交系RILs，将母本、父本、RIL种植在同等条件下直至长成嫩果；(2)根据表型将黄瓜嫩果颜色分为黄白、白绿、浅绿、绿和深绿5种颜色，统计母本、父本及RIL各株系嫩果颜色，对不同颜色进行赋值，将黄白、白绿、浅绿、绿色和深绿分别赋予1、3、5、7和9，分别对母本、父本、RIL群体颜色进行数据统计分析；(3)分别取各RIL株系及其亲本的新鲜叶片，用CTAB法提取其基因组DNA，进行全基因组重测序，亲本平均测序深度35X，RIL株系平均测序深度6X；(4)将得到的亲本、RIL株系的测序数据分别与黄瓜参考基因组序列进行比对，并进行SNP变异检测和基因分型分析；(5)使用MapQTL中的PT确定亲本、RIL的每个表型的LOD值阈值，使用WinQTL软件中的CIM算法进行QTL定位，依据前面置换检验获得的阈值确定亲本、RIL每个表型对应的QTL区段；(6)应用ANNOVAR软件，将目标QTL区段的SNP检测结果比对到黄瓜全基因组，查找目标区域内的基因，进行基因功能注释和候选基因预测和分析。