[发明专利]一种基于DNA变异计数的胎儿染色体检测系统

摘要

本发明提供了一种基于DNA变异计数的胎儿染色体检测方法，包括孕妇外周血样本中血浆游离DNA的获取和测序、血浆游离DNA序列和人类参考序列24条染色体上DNA长序列的比较，血浆游离DNA中的变异数的统计和比较。还公开了实现上述检测方法的系统，所述系统包括DNA短序列数据输入模块、短序列在长序列上定位模块、寻找序列差异模块、差异筛选模块、计数模块一、计数模块二，所述模块之间依次电性连接。本发明通过检测孕妇外周血中的染色体，判断胎儿是否存在染色体异常，大大降低了检测过程中对孕妇和胎儿的不良影响，本发明通过计算变异数目的方式来判断胎儿的染色体异常，比通过简单地计算序列数目的方法更加精确。

主权项

1.一种基于DNA变异计数的胎儿染色体检测方法，其特征在于：包括以下步骤：(1)获取待测孕妇外周血样本，分离样本中的血浆游离DNA；(2)使用第二代高通量测序技术对步骤(1)得到的DNA进行测序，得到孕妇血浆游离DNA的短序列数据；(3)将步骤(2)所得的短序列定位到人类基因组24条染色体长序列上相似度最高的位置上；(4)统计短序列和长序列上相应位置有差异的字符和字符串，记录支持各个差异的短序列数、在长序列上的位置；(5)对步骤(4)得到的差异进行筛选，筛除错误信息；(6)基于步骤(5)得到的数据，对与人类基因组24条染色体长序列相应位置上的序列有差异的字符和字符串进行计数，记为短序列变异数；(7)基于步骤(6)得到的数据，统计各个染色体区域上的短序列变异数之和，记为染色体区域变异数，形成向量A；(8)将一个以上胎儿染色体无异常的孕妇外周血按照步骤(1)‑(7)的方法进行处理形成标准样本，统计不同标准样本中相同染色体区域上的染色体区域变异数的平均值，形成向量B；(9)使用如下方法得到向量C＝(Ci)，其中Ai是向量A的第i个元素,Bi是向量B的第i个元素，Ci是向量C的第i个元素：Ci＝Ai/Bi对向量C使用隐马尔科夫链模型计算出其中状态不等于1的元素，相邻的状态不等于1的元素对应的染色体上的区域即为染色体异常区域。