[发明专利]一种植物植原体基因组的测序方法

摘要

本发明公开了一种植物植原体基因组的测序方法，其中，包含获取富含植原体的白花泡桐组织培养幼苗茎；白花泡桐和植原体基因组的DNA混合物分离提取；白花泡桐和植原体基因组的DNA混合物测序；植原体基因组测序数据的处理、统计和组装和对白花泡桐和植原体的转录组进行测序，验证基因组的可靠性。本发明首次得到了泡桐丛枝植原体的基因组，并通过该基因组对泡桐丛枝病原菌与寄主相互作用的信息进行了分析，该发明有助于增加了解植原体基本代谢途径信息，为全面揭示植物植原体基因组信息奠定基础。

主权项

1.一种植物植原体基因组的测序方法，其特征在于，包含以下步骤：(1)获取富含植原体的白花泡桐组织培养幼苗茎在培养基上培养含有植原体的泡桐丛枝幼苗，每天25‑29℃、130μmol·m‑2s‑1光照，14‑18小时周期条件下培养28‑32天，后收获幼苗的嫩茎段,在液氮中冷冻后，储存在‑80℃冰箱；(2)白花泡桐和植原体基因组的DNA混合物分离提取；采用CTAB法提取白花泡桐和植原体的混合基因组DNA，并在OD260/280和OD260/230的吸光度值下评估DNA样品的纯度，并检测DNA的完整性，最后纯化DNA样品，并将DNA保存在‑80℃以备后用；(3)白花泡桐和植原体基因组的DNA混合物测序；用g‑TUBE中断富含所述植原体的白花泡桐基因组DNA，并富集和纯化DNA片段，然后对片段化的DNA进行损伤修复和末端修复；采用连接酶将DNA片段两端与接头连接；未能连接的DNA片段用外切酶切除，然后对连接产物进行纯化，同时对文库进行评估，最后将DNA模板和酶的混合物，进行实时单分子测序；(4)植原体基因组测序数据的处理、统计和组装；在测序数据中去除接头和低质量读长得到高质量读长，同时去除与寄主泡桐相似的读长；然后将高质量读长进行组装，先将长读长用作种子纠正短读长，其中大于8366bp的读长作为长读长，小于8366bp的读长作为短读长，再对用作种子的高质量读长进行组装；最后，将原始数据与组装的参考序列进行比对，并对组装后的结果进行优化和校正；进行测序深度分析，去掉覆盖深度低于100.00X的低深度重叠群，连接其余的重叠群；组装后,将原始数据与组装的参考序列比对，计算参考序列的覆盖深度和百分比；(5)对白花泡桐和植原体的转录组进行测序，验证基因组的可靠性。