[发明专利]一种鲜切叶菜的菌群测定方法在审
申请号: | 201811385860.6 | 申请日: | 2018-11-20 |
公开(公告)号: | CN109402237A | 公开(公告)日: | 2019-03-01 |
发明(设计)人: | 谢晶;郁杰;王金锋 | 申请(专利权)人: | 上海海洋大学 |
主分类号: | C12Q1/686 | 分类号: | C12Q1/686;C12Q1/04 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 201306 上海市浦东新*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | 本发明涉及蔬菜贮藏技术领域,具体涉及一种鲜切叶菜菌群测定方法,包括叶菜的清洗、去根和无菌分装处理,鲜切叶菜的细菌基因组DNA提取,高通量测序及数据分析。本发明提供的鲜切叶菜菌群测定方法,能够有效检测鲜切叶菜在不同贮藏时期的菌群变化,为鲜切叶菜的防腐杀菌与贮运等提供重要的依据。 | ||
搜索关键词: | 叶菜 鲜切 菌群 细菌基因组DNA 高通量测序 蔬菜贮藏 数据分析 无菌分装 有效检测 贮运 去根 杀菌 贮藏 防腐 清洗 | ||
【主权项】:
1.一种鲜切叶菜的菌群测定方法,其特征在于:步骤A:对蔬菜进行清洗,然后使用经灭菌处理的刀具,将蔬菜根部切割去除;在无菌条件下对去除根部后的蔬菜进行随机分装,放入无菌托盘,并用无菌PE保鲜膜包好,置于4℃下贮藏;步骤B:在无菌条件下,从贮藏的蔬菜中选取不同部位的叶片共10g,置于无菌均质袋中,加入90mL质量浓度为8.5g/L的无菌生理盐水,在无菌均质仪以8次/秒的频率均质1min,静置10min,在高速冷冻离心机中以10000r/min的速度离心10min,弃上清,取10mL沉淀,置于‑80℃冻存;使用DNA提取试剂盒从上述沉淀中提取细菌基因组DNA,并用1%琼脂糖凝胶电泳检测效果;步骤C:以上述提取的细菌基因组DNA为模板,引物针对16Sr RNA基因V3‑V4区合成特异引物,利用341F:CCTACGGGNGGCWGCAG;805R:GACTACHVGGGTATCTAATCC;引物进行PCR扩增,扩增后的PCR产物用1%琼脂糖凝胶电泳检测效果;定量量取回收的DNA,加入DNA稀释液,得到浓度为20pmol的混合样品;对混合样品进行高通量测序;步骤D:根据高通量测序结果,进行数据质控及过滤,包括:去除引物接头序列、序列拼接、质量剪切、去除非扩增区域序列和嵌合体序列,随后进行blastn比对,在97%的相似水平下进行归类得到分类操作单元,以此得出每个分类操作单元的分类学信息;基于得到的各个分类操作单元,计算香农指数、菌种丰富度指数、辛普森指数、覆盖率指数和ACE指数,衡量样品中菌种的多样性,并且通过贝叶斯算法对97 %相似水平的分类操作单元的代表序列进行分类学分析,在科、属水平上进行群落丰度统计分析并作图,得到微生物群落结构组成,鉴定优势腐败菌;其中所述步骤B和步骤C以天为单位重复若干次。
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