[发明专利]一种用于筛选参与生物学过程调控新基因的方法

摘要

本发明公开了一种用于筛选参与生物学过程调控新基因的方法，通过使用生物信息学方法在基因本体论搜索工具，筛选特定生物学过程的语义关系；在不同物种的基因组注释数据库中，筛选被注释到上述语义的不同物种中的基因集合信息；对特定物种的基因集合信息进行同源性分析，筛选其在待研究物种中的直系同源基因；将上述基因与待研究物种中参与该生物学过程的参考基因进行比较分析，筛选特定物种中参与生物学过程调控新基因。本发明基于特定生物学过程在不同的物种之间具有高度保守性的特征，建立了一种用于筛选参与生物学过程调控新基因的方法，为进一步重构系统的基因调控网络提供支撑作用，这对于疾病早期诊断、个性化治疗、药物研发具有重要意义。

主权项

1.一种用于筛选参与生物学过程调控新基因的方法，其特征在于包括以下步骤：①.在基因本体论(Gene Ontology,GO)搜索工具中，检索待研究生物学过程(biological process)的语义关系，获得待研究生物学过程的基因本体论语义(GO Term)；②.以步骤①得到待研究生物学过程的基因本体论语义(GO Term)作为过滤(filter)条件，在基因注释数据库(Gene Annotation Database)中，分别检索并获取在待研究物种i和j中被注释到步骤①得到GO语义的基因集合Ai和Aj的信息；所述基因集合Ai和Aj信息包括基因编号(gene stable ID)，基因名称(gene name)，蛋白质编号(protein stable ID)，蛋白参考序列信息(RefSeq peptide ID)，GO语义编号(GO term accession)，GO语义名称(GO term name)；③.将步骤②得到的基因集合Aj的蛋白参考序列信息(RefSeq peptide ID)加载到同源蛋白质(homologous protein)检索工具中，分别检索同源组别号(Ortho Group ID)，下载检索结果并获得基因集合Aj中每一基因在待研究物种i中的直系同源基因的蛋白质分子，获得相应的蛋白质集合Bi的信息；所述蛋白质集合Bi信息包括蛋白质编号(protein accession)和蛋白质名称(protein name)；④.将步骤③得到的蛋白质集合Bi的蛋白质编号(protein accession)加载到基因注释数据库(Gene Annotation Database)中，分别检索并下载蛋白质集合Bi中每一蛋白质分子对应的基因，获得相应的直系同源基因集合Ci的信息；所述的基因集合Ci信息包括基因编号(gene stable ID)，基因名称(gene name)，GO语义编号(GO term accession)，GO语义名称(GO term name)；⑤.将步骤②和④得到的基因集合Ai和直系同源基因集合Ci的基因集合数据在统计分析软件中进行分析，求解并获取在待研究物种i中参与步骤①中所述生物学过程调控的新基因集合，命名为Di集合，其计算公式为Di＝Ai UCi‑Ai；所述的基因集合Di信息包括基因编号(gene stable ID)，基因名称(gene name)，GO语义编号(GO term accession)，GO语义名称(GO term name)。