[发明专利]一种肿瘤突变肽MHC亲和力预测方法及其应用有效
| 申请号： | 201811448569.9 | 申请日： | 2018-11-30 |
| 公开（公告）号： | CN109682978B | 公开（公告）日： | 2020-07-03 |
| 发明（设计）人： | 丁平 | 申请（专利权）人： | 四川康德赛医疗科技有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6886 | 分类号： | C12Q1/6886 |
| 代理公司： | 北京中政联科专利代理事务所(普通合伙) 11489 | 代理人： | 陈超 |
| 地址： | 610093 四川省成都*** | 国省代码： | 四川;51 |
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| 摘要： | 本发明提出了一种肿瘤突变肽MHC亲和力的预测方法，包括如下步骤：(一)肿瘤特异性突变序列的获取；(二)对突变肽MHC亲和力预测，以所述突变序列翻译成预定长度的氨基酸FASTA序列，获得测试肽；对所述测试肽分别进行与MHCI分子、MHCII分子的亲和力评估，按照确定的等级标准筛选突变肽；(三)对步骤(二)中筛选出的具有高亲和力所述突变肽，进行蛋白酶体切割预测，筛选出能够被蛋白酶体有效切割的所述突变肽；(四)实验验证实验合成步骤(三)验证突变肽与患者特有MHC的亲和力。本发明还提出了一种基于肿瘤突变肽MHC亲和力的预测方法在筛选肿瘤新生抗原及制备个性化肿瘤疫苗中的用途。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 肿瘤 突变 mhc 亲和力 预测 方法 及其 应用 | ||
【主权项】：
1.一种肿瘤突变肽MHC亲和力预测方法，包括如下步骤：(一)肿瘤特异性突变序列的获取对肿瘤组织及正常组织分别抽取DNA进行外显子深度测序，采用GMS分析，获得突变序列；(二)对突变肽MHC亲和力预测以所述突变序列翻译成预定长度的氨基酸FASTA序列，获得测试肽；对所述测试肽分别进行与MHCI分子、MHCII分子的亲和力评估，按照确定的等级标准筛选突变肽；(三)蛋白酶体切割预测对步骤(二)中筛选出的具有高亲和力所述突变肽，进行蛋白酶体切割预测，筛选出能够被蛋白酶体有效切割的所述突变肽；(四)实验验证实验合成步骤(三)筛选出的所述突变肽，与已知高亲和力结合MHC的肽进行MHC竞争结合实验，验证突变肽与患者特有MHC的亲和力。
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