[发明专利]一种鉴定耐药基因和/或耐药基因突变位点的宏基因组数据分析方法及系统有效
| 申请号： | 201811531578.4 | 申请日： | 2018-04-19 |
| 公开（公告）号： | CN109686408B | 公开（公告）日： | 2023-02-03 |
| 发明（设计）人： | 康悦;胡欢;程军;周洲;任用 | 申请（专利权）人： | 江苏先声医学诊断有限公司;北京先声医学检验实验室有限公司;中国医学科学院阜外医院 |
| 主分类号： | G16B30/10 | 分类号： | G16B30/10 |
| 代理公司： | 北京超凡志成知识产权代理事务所(普通合伙) 11371 | 代理人： | 蒋姗 |
| 地址： | 210000 江苏省*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种鉴定耐药基因和/或耐药基因突变位点的宏基因组数据分析方法及系统。本发明所述数据分析方法和系统基于blast算法，将样本的宏基因组测序序列与耐药基因数据库的耐药基因或耐药基于突变位点序列信息进行比对，获得耐药基因和/或耐药基因突变位点的初步鉴定结果；之后，过滤可信度不高的初步鉴定结果，获得最终鉴定结果。本发明所述方法和系统能够快速、准确地鉴定耐药基因和耐药突变位点，获得样本的全局耐药性，并结合物种鉴定结果，映射到报告检出物种，获得具体的耐药微生物菌株；进一步地，本发明所述方法和系统在鉴定耐药基因时对耐药基因数据准确性的兼容性强，减少耐药基因数据库序列两端的注释不准确的缺陷。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 鉴定 耐药 基因 基因突变 宏基 数据 分析 方法 系统 | ||
【主权项】：
1.一种宏基因组数据分析方法，其特征在于，所述方法包括：B1、基于blast算法，将样本的宏基因组测序序列与耐药基因数据库的核酸序列信息进行比对，获得耐药基因的初步鉴定结果；B2、对所述耐药基因的初步鉴定结果进行过滤，只保留支持序列对所述耐药基因的序列覆盖度＞30％且不集中分布于所述耐药基因的3’或5’端的鉴定结果，即为报告检出耐药基因；优选地，在过滤前先将E value＜E‑30的鉴定结果剔除。
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