[发明专利]预测肿瘤新生抗原的方法、装置及存储介质有效
| 申请号： | 201811531729.6 | 申请日： | 2018-12-14 |
| 公开（公告）号： | CN109584960B | 公开（公告）日： | 2021-07-30 |
| 发明（设计）人： | 叶浩;李祥永;戴珩 | 申请（专利权）人： | 序康医疗科技（苏州）有限公司 |
| 主分类号： | G16B20/50 | 分类号： | G16B20/50;G16B50/00 |
| 代理公司： | 上海智信专利代理有限公司 31002 | 代理人： | 王洁;豆欣欣 |
| 地址： | 215123 江苏省苏州市苏州工*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种预测肿瘤新生抗原的方法，包括步骤：(1)根据肿瘤‑胚系对照样本进行体细胞突变以及基因融合检测；(2)针对每一对融合基因生成融合突变肽及相应野生肽；(3)基于每个体细胞突变生成突变肽及相应野生肽；(4)构建肿瘤样本特异的个人基因组并生成含有多个突变的突变肽；(5)判断单突变以及多突变的突变肽真伪；(6)去除与野生型蛋白其它位置序列完全一致的突变肽；(7)进行HLA分子分型检测，预测新生多肽与HLA分子的亲和力，将亲和力高的新生多肽作为候选肿瘤新生抗原。本发明还提供了相应的装置和计算机存储介质。采用了本发明的方法、装置及存储介质，能有效肿瘤治疗响应生物标志物评估，为肿瘤疫苗设计提供精准的候选肽段。 | ||
| 搜索关键词： | 预测 肿瘤 新生 抗原 方法 装置 存储 介质 | ||
【主权项】：
1.一种预测肿瘤新生抗原的方法，其特征在于，所述的方法包括步骤：(1)根据肿瘤‑胚系对照样本进行体细胞突变以及基因融合检测；(2)针对每一对融合基因生成融合肽及相应野生肽；(3)基于每个体细胞突变生成单突变肽及相应野生肽；(4)构建肿瘤样本特异的个人基因组并生成含有多个突变的多突变肽；(5)通过突变间的顺式反式关系，判断单突变以及多突变的突变肽真伪，生成真实存在的突变肽；(6)去除与野生型蛋白其它位置序列完全一致的突变肽，构建完整的新生多肽库；(7)基于胚系对照样本的bam文件进行HLA分子分型检测，预测新生多肽与HLA分子的亲和力，将亲和力高的新生多肽作为候选肿瘤新生抗原。
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