[发明专利]一种鉴定植物lncRNA与基因互作的方法

摘要

本发明提供了一种鉴定植物lncRNA与基因互作的方法，涉及分子遗传学技术领域，包括获得lncRNA与基因的群体SNP基因型数据；获得基因在所研究组织的群体表达量数据；获得目标性状群体表型数据；将群体SNP基因型数据与目标性状群体表型数据关联分析；将群体SNP基因型数据与群体表达量数据关联分析；计算群体SNP基因型数据与所述目标性状群体表型数据的相关性系数r；当同时满足3个限定条件时，表明lncRNA与基因有相互作用，共同影响植物目标性状的表型变异。采用该方法准确检测毛白杨lncRNA LNC‑0052611与基因Pto‑COMT25之间存在互作关系，且该互作关系影响了毛白杨胸径的表型变异。

主权项

1.一种鉴定植物lncRNA与基因互作的方法，其特征在于，包括以下步骤：1)获得植物候选lncRNA与植物候选基因的群体SNP基因型数据；2)获得植物候选基因在所研究组织的群体表达量数据；3)对植物目标性状进行表型测定，获得目标性状群体表型数据；4)将所述步骤1)的群体SNP基因型数据与步骤3)目标性状群体表型数据进行关联分析，确定与植物目标性状显著关联的SNP位点；所述确定的条件包括：与植物目标性状显著关联的SNP位点同时包含植物候选lncRNA与植物候选基因内的SNP位点；5)将所述步骤1)的群体SNP基因型数据与步骤2)群体表达量数据进行关联分析，确定与植物候选基因表达水平相关联的SNP位点；所述确定的条件包括：植物候选lncRNA的SNP位点与候选基因的表达水平显著关联；6)计算所述步骤1)群体SNP基因型数据与所述步骤3)目标性状群体表型数据的相关性系数r，确定两者之间的相关性；所述确定的条件包括：所述相关性系数r>0.5或r<‑0.5；所述计算相关性系数r的公式如下所示：其中，X为植物候选基因在所检测的组织中的表达量数据，Y为目标性状群体表型数据；7)当同时满足所述步骤4)～6)的确定条件时，表明植物候选lncRNA与植物候选基因存在相互作用关系，共同影响植物目标性状的表型变异。