[发明专利]一种用于基因测序的引物设计方法及系统

摘要

本发明公开了一种用于基因测序的引物设计方法及系统，本发明实施步骤包括计算每一个候选引物的各项基本特征值，获取对各项基本特征值量化求和计算引物综合量化特征值；对候选引物进行筛选简化、两两组合得到组合候选引物并计算组合候选引物综合特征值；若被设计引物为针对目标检测点设计，则选择一组组合候选引物综合特征值最优的组合候选引物输出；否则在等距离的前提下选择该区域附近引物综合特征值最佳的候选引物输出。本发明通过一次性搜索所有可能的引物并评估引物的各项特征后进行综合检测，从而一次性就能挑出所有的最优引物，具有挑出来的引物效果最优、操作方便快捷、引物设计效率高的优点。

主权项

1.一种用于基因测序的引物设计方法，其特征在于实施步骤包括：1)针对输入的模板序列按不同位置不同长度进行遍历得到候选引物序列；2)计算每一个候选引物的各项基本特征值；3)针对每一个候选引物，分别对各项基本特征值进行量化，并将所有的量化结果进行求和得到该候选引物的引物综合量化特征值；4)对候选引物序列中的候选引物进行筛选简化；5)针对筛选简化后的候选引物在符合方向要求的前提下进行两两组合得到组合候选引物，所述在符合方向要求的前提具体是指若被设计引物为面对面引物，则针对两两组合得到组合候选引物挑选方向相反的所有组合候选引物，若被设计引物为同向引物，则针对两两组合得到组合候选引物挑选方向相同的所有组合候选引物；6)针对每一对组合候选引物，分别计算组合间距特征值以及距离特征值；7)针对每一对组合候选引物，分别对组合间距特征值、距离特征值进行量化，并将量化结果与对应两个候选引物的引物综合量化特征值进行综合，从而得到组合候选引物综合特征值；8)判断被设计引物的类型，若被设计引物为针对目标检测点设计，则选择组合候选引物综合特征值最优的一对组合候选引物输出；若被设计引物为针对整个区域设计，则在等距离的前提下选择该区域附近引物综合量化特征值最佳的候选引物输出。