[发明专利]仅用于肝癌单一癌种筛查的特异甲基化检测位点组合的选取方法

摘要

本发明公开一种仅用于肝癌单一癌种筛查的特异甲基化检测位点组合的选取方法，其通过一系列的筛选步骤寻找针对单一肝癌的特异甲基化位点，其主要通过设计不同样本类型的对比，校准个体甲基化差异、不同时期甲基化差异、不同组织甲基化差异和不同肿瘤间甲基化差异，从而获得一组特异甲基化位点作为诊断标志物来检测肝癌；本方法筛选出来肝癌特异甲基化位点的敏感性能达到90%以上，特异性能达到97%以上，能在诊断过程中表现为只针对肝癌这个癌种进行检测。

主权项

1.仅用于肝癌单一癌种筛查的特异甲基化检测位点组合的选取方法，其特征在于：该方法包括以下步骤：步骤1：从若干数据库中集中肝癌和其他癌症甲基化数据，其中，数据包括正常人的样本及癌症患者的样本；步骤2：比较肝癌患者肝癌组织和正常人的正常组织中甲基化数据，以找出肝癌和正常组织之间甲基化差异位点，并将获得的甲基化差异位点进行信息注释；步骤3：从步骤1的数据库中分析、获得肝癌特异性甲基化差异位点，具体如下：（a）、将步骤1中所有肝癌患者的肝癌组织甲基化数据及50个患者的正常组织的甲基化数据进行对比，并根据步骤2中筛选出的甲基化差异位点，将这些样本中差异位点数据整理成一个文件；（b）、将步骤1 中375个肝癌患者的肝癌组织甲基化数据和正常人血浆样本甲基化数据合并后，并筛选处步骤3（a）中找出的甲基化差异位点信息整理出一个文件；（c）、将步骤1中375个肝癌患者肝癌组织甲基化数据和数据库中的其他癌症的数据集合并，根据步骤3（b）中选出的肝癌特异性甲基化差异位点，并将整理出这些位点再所有肿瘤中的数据成一个文件；（d）、将上述或的文件集中，并选出的位点组合，从而获得肝癌早期筛查用的17个特异性甲基化位点，作为肝癌肿瘤标志物；步骤4：对17个特异性甲基化位点建立预测模型和结果验证，进行评估。