[发明专利]新抗原的鉴别、制造及使用

摘要

本文公开了一种用于确定如基于个体的肿瘤突变确定的等位基因、新抗原及疫苗组合物的系统和方法。还公开了用于从肿瘤获得高质量测序数据的系统和方法。此外，本文也描述了用于在多态性基因组数据中鉴别体细胞变化的系统和方法。此外，本文描述了用于选择进行治疗的患者子集的系统和方法。基于为患者鉴别的一种或多种新抗原候选物，为每个患者确定指示肿瘤细胞表面呈递的新抗原的估计数目的效用分数。基于确定的效用分数选择患者子集。选定的患者子集可以接受治疗，例如新抗原疫苗或检查点抑制剂治疗。最后，本文描述了独特的癌症疫苗。

主权项

1.一种鉴别用于进行治疗的患者子集的方法，其包括：/n对于每个患者，从所述患者的肿瘤细胞和正常细胞获得外显子组、转录组或全基因组肿瘤核苷酸测序数据中的至少一种，其中所述肿瘤核苷酸测序数据被用于获得通过比较来自所述肿瘤细胞的核苷酸测序数据和来自所述正常细胞的核苷酸测序数据鉴别的新抗原集合中每一种新抗原的肽序列，其中所述患者的每一种新抗原的肽序列包含至少一个使其不同于从所述患者的正常细胞鉴别的相应野生型亲本肽序列的变化；/n对于每个患者，通过将所述新抗原集合中的每一种新抗原的肽序列输入机器学习呈递模型中来产生所述患者的所述新抗原集合的数字呈递可能性集合，每个呈递可能性代表了相应新抗原由所述患者的所述肿瘤细胞表面上的一个或多个MHC等位基因呈递的可能性，所述呈递可能性集合至少基于质谱数据鉴别；/n对于每个患者，鉴别来自所述患者的所述新抗原集合的一种或多种新抗原；/n对于每个患者，确定指示在所述患者的所述肿瘤细胞表面呈递的新抗原的估计数目的效用分数，所述估计数目通过所述患者的所述一种或多种新抗原的相应呈递可能性确定；及/n选择用于进行治疗的患者子集，所述患者子集中的每个患者与满足预定纳入标准的效用分数相关。/n