[发明专利]具有用户定义的功能的哺乳动物启动子的计算机设计在审
| 申请号： | 201880039487.0 | 申请日： | 2018-04-19 |
| 公开（公告）号： | CN110741086A | 公开（公告）日： | 2020-01-31 |
| 发明（设计）人： | A.J.布朗;D.C.詹姆斯;S.J.吉布森;D.哈顿 | 申请（专利权）人： | 免疫医疗有限公司 |
| 主分类号： | C12N15/10 | 分类号： | C12N15/10;C12Q1/6897 |
| 代理公司： | 72001 中国专利代理(香港)有限公司 | 代理人： | 郭慧;彭昶 |
| 地址： | 英国*** | 国省代码： | 英国;GB |
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| 摘要： | 基因调控的简化模型是哺乳动物合成生物学的基本要求。然而，在转录水平上，这受到控制启动子活性动力学的复杂设计规则的阻碍，从而阻止了从头设计具有用户定义的功能的调控元件。如本文所证明，当复合转录因子结合位点不能协同作用时，可以根据简单的设计规则来构建哺乳动物启动子。对宿主细胞转录机制组件进行计算机分析，以鉴定具有所需表达动力学的转录因子。然后在同型和异型结构中全面测试同源结合位点，以评估模块性并确定每个位点的单个拷贝表现出的转录活性。当特异性选择元件以防止组合相互作用时，可以简单地根据组成结合位点拷贝数对异型启动子活性准确地建模。因为结合位点顺序、间距和取向对启动子活性的影响极小，因此可以根据情况特定的设计标准，在计算机上对区块进行最佳组合和排列。为了证明这一点，从头产生CHO细胞启动子，这些启动子在体外表现出设计的活性水平和长期表达稳定性。这些发现揭示了对真核转录调控机制的新见解，并为哺乳动物合成生物学提供了新的工具。 | ||
| 搜索关键词： | 结合位点 合成生物学 启动子活性 哺乳动物 动力学 启动子 转录因子结合位点 哺乳动物启动子 计算机分析 转录 单个拷贝 调控元件 复杂设计 活性水平 基因调控 简化模型 控制启动 评估模块 全面测试 设计标准 设计规则 宿主细胞 异型结构 用户定义 转录调控 转录活性 转录水平 转录因子 最佳组合 拷贝数 构建 建模 区块 取向 位点 真核 同源 复合 阻碍 计算机 表现 发现 | ||
【主权项】：
1.一种合成启动子，该合成启动子包含(a)包含4至20个转录因子调控元件(TFRE)的核苷酸序列和(b)启动子核心，其中包含这些TRFE的该核苷酸序列在该启动子核心的上游，并且其中至少三分之一的这些TFRE单独地选自由抗氧化RE(ARE)、ETS结合位点1(EBS1)、内质网应激RE(ERSE)和二噁英RE(DRE)TFRE组成的组。/n
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