[发明专利]用于鉴别分枝杆菌的SNP分子标记和方法、引物组合物、试剂盒和应用

摘要

本发明提供了一种用于鉴别分枝杆菌的SNP分子标记和方法、引物组合物、试剂盒和应用，涉及菌种鉴别技术领域。该SNP分子标记共包含17个SNP位点，分布于Hsp65基因、rrs基因和pncA基因，上述SNP分子标记在结核分枝杆菌、牛型分枝杆菌、非洲分枝杆菌、鸟分枝杆菌、胞内分枝杆菌、偶发分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、胃分枝杆菌、海分枝杆菌、田鼠分枝杆菌、瘰疬分枝杆菌、耻垢分枝杆菌、苏加分枝杆菌、脓肿分枝杆菌、溃疡分枝杆菌、蟾蜍分枝杆菌、戈登分枝杆菌和猿分枝杆菌中具有多态性。上述引物组合物可以扩增Hsp65基因、rrs基因和pncA基因，以用于后续SNP分子标记的分析以及菌种的鉴别。

主权项

1.一种用于鉴别分枝杆菌的SNP分子标记，包括：位于Hsp65基因的SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11和SNP12，所述Hsp65基因具有如SEQ ID NO.1所示序列；位于rrs基因的SNP13、SNP14、SNP15和SNP16，所述rrs基因具有如SEQ ID NO.2所示序列；和，位于pncA基因的SNP17，所述pncA基因具有如SEQ ID NO.3所示序列；所述SNP1自SEQ ID NO.1所示序列5’端起130位的碱基是C、T或A；所述SNP2自SEQ ID NO.1所示序列5’端起154位的碱基是C、G或T；所述SNP3自SEQ ID NO.1所示序列5’端起157位的碱基是T或C；所述SNP4自SEQ ID NO.1所示序列5’端起181位的碱基是G、T或C；所述SNP5自SEQ ID NO.1所示序列5’端起182位的碱基是C或T；所述SNP6自SEQ ID NO.1所示序列5’端起184位的碱基是G、C或T；所述SNP7自SEQ ID NO.1所示序列5’端起187位的碱基是C、A、G或T；所述SNP8自SEQ ID NO.1所示序列5’端起193位的碱基是G、C或A；所述SNP9自SEQ ID NO.1所示序列5’端起241位的碱基是C或G；所述SNP10自SEQ ID NO.1所示序列5’端起299位的碱基是G、A或T；所述SNP11自SEQ ID NO.1所示序列5’端起346位的碱基是G、T或C；所述SNP12自SEQ ID NO.1所示序列5’端起442位的碱基是C或G；所述SNP13自SEQ ID NO.2所示序列5’端起87位的碱基是T或C；所述SNP14自SEQ ID NO.2所示序列5’端起179位的碱基是A或T；所述SNP15自SEQ ID NO.2所示序列5’端起220位的碱基是G或A；所述SNP16自SEQ ID NO.2所示序列5’端起224位的碱基是G、T或A；所述SNP17自SEQ ID NO.3所示序列5’端起269位的碱基是C或G；所述分枝杆菌包括：结核分枝杆菌、牛型分枝杆菌、非洲分枝杆菌、鸟分枝杆菌、胞内分枝杆菌、偶发分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、胃分枝杆菌、海分枝杆菌、田鼠分枝杆菌、瘰疬分枝杆菌、耻垢分枝杆菌、苏加分枝杆菌、脓肿分枝杆菌、溃疡分枝杆菌、蟾蜍分枝杆菌、戈登分枝杆菌和猿分枝杆菌。