[发明专利]一种检测DNA甲基化位点对数量性状加性和显性遗传效应的方法及其应用技术在审
| 申请号： | 201910005389.1 | 申请日： | 2019-01-03 |
| 公开（公告）号： | CN109554502A | 公开（公告）日： | 2019-04-02 |
| 发明（设计）人： | 张德强;肖亮;杜庆章;权明洋;卢文杰;陈盼飞 | 申请（专利权）人： | 北京林业大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6895 | 分类号： | C12Q1/6895;C12Q1/6806;G16B20/00 |
| 代理公司： | 北京高沃律师事务所 11569 | 代理人： | 刘奇 |
| 地址： | 100000 *** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明提供了一种检测DNA甲基化位点对数量性状加性和显性遗传效应的方法及其应用，属于植物分子育种领域；所述方法包括以下步骤：1)采集种质资源群体样品，进行表型性状检测，并对所述样品进行基因组DNA的提取；2)利用所述样品基因组DNA构建重亚硫酸盐测序文库，测序；3)从所述DNA甲基化测序数据中鉴定DNA甲基化位点，并基因型分型；4)采用Tassel 5.0软件包中的混合线性模型将获得的DNA甲基化位点的基因型分型数据与样品表型性状数据进行关联性分析，筛选显著关联的DNA甲基化位点，并对其加性和显性遗传效应进行分析。所述方法能够为基因标记辅助育种提供了新的技术指导，具有重要的理论与育种价值。 | ||
| 搜索关键词： | 位点 显性遗传 加性 基因型分型 基因组DNA 表型性状 数量性状 种检测 软件包 混合线性模型 植物分子育种 关联性分析 甲基化位点 重亚硫酸盐 测序数据 测序文库 辅助育种 基因标记 技术指导 应用技术 种质资源 鉴定DNA 测序 构建 育种 采集 关联 筛选 检测 群体 应用 分析 | ||
【主权项】：
1.一种检测DNA甲基化位点对数量性状的加性和显性遗传效应的方法，包括以下步骤：1)采集种质资源群体中不同个体、同一时间的相同组织作为样品，进行表型性状检测，获得样品表型性状数据；并且对所述样品进行基因组DNA的提取，获得样品基因组DNA；2)利用步骤1)中所述样品基因组DNA构建重亚硫酸盐测序文库，进行DNA甲基化测序获得DNA甲基化测序数据；3)从所述DNA甲基化测序数据中鉴定全基因组范围内的DNA甲基化位点，并根据DNA甲基化位点的甲基化支持率进行基因型分型；若DNA甲基化支持率>0.7，为M:M；DNA甲基化支持率在0.3～0.7之间，则为U:M/M:U；DNA甲基化支持率<0.3，则为U:U；4)采用Tassel5.0软件包中的混合线性模型将步骤3)中获得的DNA甲基化位点的基因型分型数据与步骤1)中检测的样品表型性状数据进行关联性分析，筛选显著关联的DNA甲基化位点；5)利用Tassel5.0软件包中提供的加性效应及显性遗传效应值，分析所述显著关联的DNA甲基化位点的加性和显性遗传效应。
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