[发明专利]一种使用镜像探针进行甲基化捕获测序的方法

摘要

本发明公开了一种使用镜像探针进行甲基化捕获测序的方法，所述方法包括：1)设计茎环形接头序列；2)将基因组DNA超声打断，或直接采用cfDNA进行末端修复和加A；3)连接反应：颈环结构的接头与所述加A的DNA片段进行连接反应，并纯化连接产物；4)对所述纯化的连接产物进行Bisulfite转化实验，C碱基可以转化为U，而对于mC无变化，形成带有颈环接头的正负插入片段的环形结构；5)文库的产生，使用探针杂交延伸反应获得延伸产物；6)上机测序，对所述延伸产物进行测序。

主权项

1.一种使用镜像探针进行甲基化捕获测序的方法，所述方法包括：1)设计茎环形接头序列，所述茎环形接头序列符合：(1)接头茎部互补配对部分的碱基对数为8‑15对，(2)接头的环状部分不能形成4个或4个以上碱基的互补配对，(3)接头的环状部分和茎部配对的碱基数小于4，(4)颈环结构核酸序列中不能与人基因组序列和经Bisulfite转化后文库有连续10个及10个以上的碱基互补配对，(5)茎环结构接头上所有的胞嘧啶碱基均为5‑甲基胞嘧啶；2)将基因组DNA超声打断，或直接采用cfDNA进行末端修复和加A；3)连接反应：颈环结构的接头与所述加A的DNA片段进行连接反应，并纯化连接产物；4)对所述纯化的连接产物进行Bisulfite转化实验，C碱基可以转化为U，而对于mC无变化，形成带有颈环接头的正负插入片段的环形结构；5)文库的产生，使用探针杂交延伸反应获得延伸产物，探针序列结构如下：5’‑3’方向：第一与目标序列互补序列+AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC+GGGGGGGGGG+CACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT+NNNNNN+第二与目标序列互补序列，NNNNNN表示分子标签；6)上机测序，对所述延伸产物进行测序，优选对所述延伸引物扩增后进行测序。