[发明专利]一种预测药物-靶标结合强度的绝对自由能微扰方法有效
| 申请号： | 201910045003.X | 申请日： | 2019-01-17 |
| 公开（公告）号： | CN109859806B | 公开（公告）日： | 2023-09-22 |
| 发明（设计）人： | 罗海彬;李哲 | 申请（专利权）人： | 中山大学 |
| 主分类号： | G16C20/50 | 分类号： | G16C20/50;G16C20/70 |
| 代理公司： | 广州粤高专利商标代理有限公司 44102 | 代理人： | 林丽明 |
| 地址： | 510275 广东*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明提供一种预测药物‑靶标结合强度的绝对自由能微扰方法，包括：构建Lig体系以及Rec‑Lig体系；对Lig体系及Rec‑Lig体系的各个状态的参数进行分子动力学模拟，得到每个状态的分子动力学轨迹；通过相邻状态的力场文件进行单点能计算，得到每个相邻状态之间的势能差；对每个相邻状态之间的势能差进行概率分布统计，利用多个高斯函数的线性组合进行拟合；根据拟合后的概率分布，重新生成每一状态的势能差，通过计算得到药物与靶标的结合自由能。本发明提供的绝对自由能微扰方法，将所有自由能微扰中间状态的动力学模拟轨迹所对应的概率分布利用高斯函数进行拟合，使得采样的概率分布更加合理，大幅提升了能量计算结果的收敛性及准确性。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 预测 药物 靶标 结合 强度 绝对 自由能 方法 | ||
【主权项】：
1.一种预测药物‑靶标结合强度的绝对自由能微扰方法，其特征在于，包括以下步骤：S1：构建药物小分子配体Lig体系以及药物‑靶标的Rec‑Lig体系，为中间微扰状态参数准备；S2：利用分子动力学模拟程序，对Lig体系及Rec‑Lig体系的各个状态的参数进行分子动力学模拟，得到Lig体系及Rec‑Lig体系每个状态的分子动力学轨迹；S3：将得到的Lig体系及Rec‑Lig体系每个状态的分子动力学轨迹，通过相邻状态的力场文件进行单点能计算，得到每个相邻状态之间的势能差ΔU；S4：针对得到每个相邻状态之间的势能差进行概率分布统计，利用多个高斯函数的线性组合进行拟合，得到平滑的概率分布；S5：根据拟合后的概率分布，重新生成每一状态的势能差，通过计算得到药物与靶标的结合自由能。
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