[发明专利]基于全转录组的肿瘤抗原预测方法及其应用有效
| 申请号： | 201910071985.X | 申请日： | 2019-01-25 |
| 公开（公告）号： | CN109801678B | 公开（公告）日： | 2023-07-25 |
| 发明（设计）人： | 叶浩;李祥永;韩子维;黄建锋;戴珩 | 申请（专利权）人： | 上海鲸舟基因科技有限公司 |
| 主分类号： | G16B20/50 | 分类号： | G16B20/50;G16B25/10;G16B30/10;G16B40/00 |
| 代理公司： | 上海智信专利代理有限公司 31002 | 代理人： | 王洁;豆欣欣 |
| 地址： | 201318 上海市浦东新*** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种基于全转录组的肿瘤抗原预测方法，包括：根据肿瘤组织和相应癌旁组织的全转录组测序数据，分别进行肿瘤相关抗原的蛋白生成与肽段截取、肿瘤体细胞突变检测以及相应突变肽段截取、肿瘤特异novel转录本的生成与肽段截取、肿瘤组织中基因融合检测及融合肽段截取，获得包括肿瘤相关抗原、肿瘤体细胞突变、肿瘤novel转录本、基因融合的肿瘤特异肽段，计算所获得的肿瘤特异肽段与HLA分子的亲和力以及在各转录本中的表达量，基于肿瘤特异肽段的亲和力值和表达量TPM值，评价候选肿瘤抗原的级别。本发明还提供其应用。采用了本发明的方法及应用，有助于精确计算肿瘤抗原负荷、评估免疫治疗效果、服务后期的肿瘤疫苗设计。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 转录 肿瘤 抗原 预测 方法 及其 应用 | ||
【主权项】：
1.一种基于全转录组的肿瘤抗原预测方法，其特征在于，所述的预测方法包括：根据肿瘤组织和相应癌旁组织的全转录组信息，分别进行肿瘤相关抗原的蛋白生成与肽段截取、肿瘤体细胞突变检测以及相应突变肽段截取、肿瘤特异novel转录本的生成与肽段截取、肿瘤组织中基因融合检测及融合肽段截取，获得包括肿瘤相关抗原、肿瘤体细胞突变、肿瘤novel转录本、基因融合的肿瘤特异肽段，计算所获得的肿瘤特异肽段与HLA分子的亲和力以及在各转录本中的表达量，基于肿瘤特异肽段的亲和力值和表达量TPM值，评价候选肿瘤抗原的级别。
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